Translate

A következő címkéjű bejegyzések mutatása: Ecography. Összes bejegyzés megjelenítése
A következő címkéjű bejegyzések mutatása: Ecography. Összes bejegyzés megjelenítése

2023. szeptember 13., szerda

Áttekintés a funkcionális különbözőség mérőszámairól - új cikk az Ecography-ban

Az ökológia és a biogeográfia egyik központi kérdése, hogy a közösségek vagy területek fajösszetétele milyen változatosságot mutat. A probléma vizsgálatához az egyik legalapvetőbb statisztikai eszközt a különbözőségi (disszimilaritási) indexek jelentik. Ezek olyan egyszerű matematikai formulák, amikkel számszerűsíteni lehet, hogy az egyik közösség mennyire különbözik a másiktól. A közösségeket főleg a fajösszetételük alapján hasonlították össze korábban, az utóbbi évtizedekben azonban megnőtt az érdeklődés egyéb szempontok figyelembe vétele felé. Ilyen például a közösségek funkcionális összetétel alapján történő összevetése. A szakirodalomban kb. 40-50 mérőszámot javasoltak az utóbbi években erre a célra. Ezek az indexek azonban mind-mind különböző feltételezésekkel éltek az adatokra nézve, és különböző elméleteket követtek a funkcionális sokféleség számszerűsítése és a különbözőség értelmezése céljából. A funkcionális különbözőség iránt érdeklődő felhasználó így meglehetősen elveszve, útmutatás nélkül érezhette magát, amikor a saját kutatásához próbált megfelelő módszert választani.

Ezen a helyzeten igyekeztünk javítani a kutatócsoport-vezetőmmel. A most megjelent 'review' cikkünkben feldolgoztuk az irodalomban eddig javasolt módszereket, és egy közös elméleti rendszerbe foglalva őket kiemeltük azokat a módszertani döntéseket vagy adottságokat, amelyeket figyelembe kell venni a módszerválasztáskor. Két döntést tartunk alapvetőnek: a különbözőség értelmezésének mikéntjét, valamint azt, hogy a közösségek funkcionális összetételét milyen módon írjuk le. A különbözőségnek két típusát tárgyaljuk: a távolságokat (distance) és az ellentétet (kicsit gyenge a magyar megfelelő, angolul találóbb: disagreement). A kettő között a lényegi különbség, hogy a távolságok felső korlátját az eredeti változók skálája szabja meg, tehát akár a végtelen is lehet, míg az ellentétek standardizáltak, 0 és 1 között változnak. Előbbiek hosszú, utóbbiak rövidebb grádiensek esetén működnek jól. A funkcionális összetétel leírásának három módja van. Az első (typical values), amikor a közösséget egyetlen pont reprezentálja, pl. amikor egyetlen gyepet a teljes biomasszája ír le. A második (discrete sets), amikor minden taxonhoz tartozik egy jellemző, egy trait, amit a taxon tömegességének figyelembe vételével együtt használunk fel egy közösségi szintű trait-eloszlás kiszámolásához. A harmadik (hypervolumes), amikor a traitek mint dimenziók által meghatározott térben egy többdimenziós alakzattal vagy eloszlással írjuk le a közösséget. A cikkben áttekintjük a tárgyalt módszerek kiszámolásához szükséges R-csomagokat is.


A funkcionális különbözési indexekről javasolt elméleti rendszerünk sematikus ábrája

Amit nem tudunk egyelőre megmondani, az az, hogy melyik index mennyire működik "jól", mennyire pontosan adja vissza a két közösség közti tényleges eltérést. Valójában a munkát ez utóbbi kérdés vizsgálatával kezdtük, azonban a bírálatok során világossá vált, hogy az elméleti megalapozás előbbre való, a körültekintő tesztelés pedig a vártnál összetettebb probléma. De ami késik, nem múlik. :)

Az összefoglaló és elérhetőség alább látható:


Lengyel, A. & Botta-Dukát, Z. (2023), A guide to between-community functional dissimilarity measures. Ecography e06718. https://doi.org/10.1111/ecog.06718

Abstract

One of the effective tools to study the variation between communities is the use of pairwise dissimilarity indices. Besides species as variables, the involvement of trait information provides valuable insight into the functioning of ecosystems. In recent years, a variety of indices have been proposed to quantify functional dissimilarity between communities. These indices follow different approaches to account for between-species similarities in calculating community dissimilarity, yet they all have been proposed as straightforward tools. In this paper, we review the trait-based dissimilarity indices available in the literature and identify the most important conceptual and technical properties that differentiate among them, and that must be considered before their application. We identify two primary aspects that need to be considered before choosing a functional dissimilarity index. The first one is the way communities are represented in the trait space. The three main types of representations are the typical values, the discrete sets using the combination of species × sites and species × traits matrices, and the hypervolumes. The second decision is the concept of dissimilarity to follow, including two options: distances and disagreements. We use the above scheme to discuss the available functional dissimilarity indices and evaluate their relations to each other, their capabilities, and accessibility.

2019. december 23., hétfő

Mit (nem) tudunk a növényvilág sokféleségéről?

Az Ecography egy idei számában jelent meg egy cikk, amelyben három nagy (a három legnagyobb?) botanikai adatbázis, az előfordulási helyeket felsoroló GBIF (Global Biodiversity Information Facility), a traitadatokat tartalmazó TRY és a genetikai GenBank átböngészése alapján adtak egy becslést arra, hogy melyek a világon a legjobban ismert, és melyek a leginkább adathiányos szárazföldi növénycsaládok (Embryophyta), illetve földrajzi régiók. A taxonómiai keretet a The Plant List nyújtotta, ami abban nem volt elfogadott név, az nem szerepelhetett az elemzésben - nyilván ha egy növénycsoport taxonómiája a nevek szintjén is feldolgozatlan, az nem jelent meg az elemzésben. Adathiányosnak az a faj minősült, amely a többi háromban egyáltalán nem fordult elő. Tehát ha egy fajnak volt egyetlen mért trait értéke (akár csak magassága, életformája, életciklusa) a TRY-ban, ha volt egyetlen előfordulási helye a GBIF-ben, és ha volt egy genetikai mintája a GenBankban, akkor már 'broadly-covered' minősítést kapott, amit "nagyrészt ismert"-ként fordíthatnánk. Ez egy elég laza, gyakorlati szempontból nem túl hasznos kritérium, de aki tud jobbat, írjon a szerzőknek, biztos örülnek majd. A földrajzi régiókat pedig a szélességi körök szintjén elemezték. A kapott számokat tehát ennek megfelelően kell értelmezni.

A teljes elemzésben 350 699 elfogadott fajnév szerepelt. Összehasonlításképpen, az edényes növények összfajszámát 2016-ban 360 000 körülire becsülték a Kew Garden kutatói (ebben nincsenek benne a mohák, amelyek viszont a fenti elemzésben szerepeltek). A fajnevek 17,7%-a (majdnem 62 000 faj) fordult elő mindhárom adatbázisban (vagyis ennyi lett 'broadly-covered'), és több mint fele szerepelt legalább egyikben. A nevek 26,7%-áról viszont semmiféle információ nincs.

A pázsitfüvek családja (Poaceae) a legjobban ismertek közé tartozik (puha rozsnok - Bromus hordeaceus)

A legjobban ismert családok között olyanokat találunk, amelyek széles földrajzi elterjedésűek és gazdasági haszonnal bírnak. Ilyenek a pázsitfűfélék (Poaceae), fenyőfélék (Pinaceae), burgonyafélék (Solanaceae), eperfafélék (Moraceae), kutyatejfélék (Euphorbiaceae), próteafélék (Proteaceae), nősziromfélék (Iridaceae), csatavirágfélék (Polemoniaceae). Hozzájuk csatlakoztak még olyanok, amelyek egyszerűen érdekesek voltak a kutatók számára: cikászfélék (Zamiaceae), vajvirágfélék (Orobanchaceae); illetve néhány egészen kicsi család, mint a ginkgófélék (Ginkgoaceae), a Trochodendraceae, és a kálmosfélék (Acoraceae). A legtöbb adat a 45-ös északi szélességi kör környékéről (a 45-ös kör közelében fekszik Krasznodar, Belgrád, Torinó, Bordeaux, Ottawa, Minneapolis) származott, és az északi féltekéről több volt az adat, mint a déliről.


A trópusokon még bőven van adathiányos, sőt, leíratlan faj (Kamerun, Nyong folyó)

Az érvényes nevek számához képest leghiányosabban ismert családok a mohák és májmohák családjai, a kosborfélék (Orchidaceae), fészkesek (Asteraceae), begóniafélék (Begoniaceae), Acanthaceae, Piperaceae. Különösen szembeötlő volt a hiány egyes tájak endemikus fajai közt, így pl. a Rubiaceae ázsiai, ausztráliai, új-zélandi, óceániai és dél-amerikai endemikusai igen hiányosan ismertek, csak úgy, mint a fészkesek európai, ázsiai és afrikai bennszülött képviselői, az európai és ausztráliai bennszülött ajakosok (Lamiaceae), valamint az endemikus kontyvirágfélék (Araceae) Ausztráliában és Dél-Amerikában.

Herbáriumi lap egy azonosítatlan orchideáról, Kamerunból

Egy ilyen léptékű vizsgálat nyilván sok-sok elhanyagolás árán vihető véghez, itt sem volt ez másképp. A módszertan "nagyvonalúságai" (amelyek, ugyanakkor, lehetővé tették, hogy egyáltalán bármiféle konkrétum megfogalmazása lehetségessé váljon) miatt a cikk talán a tudásszintünk kelleténél optimistább megítélésére csábít. Ne tévesszük meg magunkat, globális szinten inkább ritkaságnak számítanak azok a növények, amelyeket előfordulási terület, traitek és a genom tekintetében is használható mértékben ismerünk. És egyre több van, amit soha nem is fogunk már megismerni.

A cikk hivatkozása: Cornwell, W.K., Pearse, W.D., Dalrymple, R.L. and Zanne, A.E. (2019), What we (don't) know about global plant diversity. Ecography, 42: 1819-1831. doi:10.1111/ecog.04481