Translate

A következő címkéjű bejegyzések mutatása: JVS. Összes bejegyzés megjelenítése
A következő címkéjű bejegyzések mutatása: JVS. Összes bejegyzés megjelenítése

2025. szeptember 29., hétfő

Új cikk a többfajú inváziókról a JVS-ben

Majdnem pontosan egy éve zárult a többfajú inváziókkal foglalkozó OTKA-projektem, amelyben Veresegyház és Szada környéki homoki parlagokon vizsgáltam, hogy a selyemkóró (Asclepias syriaca) és az aranyvesszőfajok (főleg a Solidago gigantea, kisebb részben S. canadensis) együttes dominanciája hogyan hat az elfoglalt növényközösség fajgazdagságára, funkcionális diverzitására és összetételére, illetve hogy változtatnak-e egymás hatásán.

Terjedő selyemkóró és magas aranyvessző a szadai "homokpusztán"

Bár a selyemkóró uralma látványos a homoki élőhelyeken, gyakorlatilag semmiféle hatását nem tapasztaltam a kísérőfajok sokféleségére és kompozíciójára nézve. Ezzel szemben az aranyvessző uralma csökkentette a közösség növényi fajszámát. Valamelyest változtatott a többi faj funkcionális összetételén is, de összességében nem találtam kielégítő magyarázatot az aranyvessző hatásmechanizmusára a vizsgált növényi jellegek alapján. Természetesen ha egy faj dominánssá válik egy közösségben, a növény jellegei és funkciói is uralkodóak lesznek az adott közösségben, így mind a selyemkóró, mind az aranyvessző dominanciája a maga módján átalakítja a közösség egészét.

Az eredményeket bemutató publikáció néhány napja jelent meg a Journal of Vegetation Science folyóiratban. A szabad hozzáférésű cikk linkje és összefoglalója alább látható:

Lengyel, A. 2025. Beyond Single Invaders: Disentangling the Effects of Co-Invading Alien Forbs on Sandy Old-Fields. Journal of Vegetation Science 36(5): e70068. https://doi.org/10.1111/jvs.70068.

ABSTRACT

Aims

Invasive alien plants can severely impact ecosystem diversity and function. While the effects of individual species are often studied, interactions between multiple invasive species are less understood. This study examines how Asclepias syriaca and Solidago spp. (including Solidago gigantea and S. canadensis) influence taxonomic and functional diversity in sandy old-fields. The aims are to: (1) assess the individual and combined impacts of Asclepias and Solidago on resident plant diversity and (2) determine whether interactions between these species alter their effects on the invaded community.

Location

Gödöllő Hills, Central Hungary.

Methods

I sampled 80 plots (2 m × 2 m) on sandy old-fields with varying levels of Asclepias and Solidago cover. Plant species cover was visually estimated, and trait data were obtained from databases. Species richness, community completeness, and community-weighted means (CWM) for plant traits, along with Rao functional diversity, were analyzed. Generalized linear and mixed models were used to evaluate the effect of invasive cover on resident diversity and traits, both with and without considering the invasives' traits in community indices.

Results

While Asclepias had no significant effect, Solidago cover significantly reduced species richness and community completeness. When invasive species traits were excluded from the analysis, only the CWM and Rao's diversity of the bud bank index were significantly related to Solidago cover. Including the invasives' traits revealed that their trait values influenced community indices significantly. Asclepias and Solidago cover were negatively correlated, but did not alter each other's effects.

Conclusions

Solidago has a stronger negative impact on resident species richness than Asclepias, which appears neutral. Trait-based mechanisms underlying reduced species richness under Solidago dominance require further investigation. The lack of interaction between these invaders suggests their individual impacts dominate over potential synergies or antagonisms.


2021. február 19., péntek

Megjelent a REMOS osztályozási módszerről szóló cikkünk a JVS-ben

2019 novemberében írtam arról, hogy kitaláltunk egy új osztályozási módszert, amelynek a REMOS (REallocation of Misclassified Objects based on Silhouette width) nevet adtuk. A módszerről most csak annyit írnék, hogy ezzel meglévő (akár véletlenszerű) osztályozásokon lehet javítani azáltal, hogy a "félreosztályozott" elemeket lépésenként átpakolgatjuk egy megfelelőbbnek tűnő csoportba. A jóság kritériuma pedig az adott objektum sziluett indexe. A módszert először preprintként közöltük le, hogy azonnal használhassuk és hivatkozhassuk a lengyel gyepek jellegalapú osztályozásához. Közben benyújtottuk a Journal of Vegetation Science-be is közlésre, s némi átalakítás után most végre el is fogadták. A cikkben a REMOS két verzióját egy hasonló elven működő, OPTSIL nevű módszerrel vetjük össze. A bírálati idő kicsit hosszúra nyúlt, mert nehezen talált a szerkesztő bírálót a viszonylag szűk és elméleti témájú cikkhez (azt írta, 11 visszautasított felkérés után vállalta el valaki), de cserébe mi gyorsan javítottunk mindent, így összességében az átlagosnak mondható, egy év körüli átfutás jött ki. A cikk nyílt hozzáférésű, és a 123997 azonosítójú OTKA PD projektem első cikke.


A REMOS mindkét verziója sokkal gyorsabb az OPTSIL-nél


Lengyel, A, Roberts, DW, Botta‐Dukát, Z. 2021. Comparison of silhouette‐based reallocation methods for vegetation classification. Journal of Vegetation Science; 32:e12984. https://doi.org/10.1111/jvs.12984

Abstract

Aims: Vegetation classification seeks to partition the variability of vegetation into relatively homogeneous but distinct types. There are many ways to evaluate, and potentially improve, such a partitioning. One effective approach involves calculating silhouette widths which measure the goodness‐of‐fit of plots to their cluster. We introduce a new iterative reallocation clustering method — Reallocation of Misclassified Objects based on Silhouette width (REMOS) — and compare its performance with an existing algorithm — OPTimizing SILhouette widths (OPTSIL). REMOS reallocates misclassified objects to their nearest‐neighbour cluster iteratively. Of its two variants, REMOS1 reallocates only the object with the lowest silhouette width, while REMOS2 reallocates all objects with negative silhouette width in each iteration. We test how REMOS1, REMOS2 and OPTSIL perform in terms of: (a) cluster homogeneity and separation; (b) the number of diagnostic species; and (c) runtime.

Methods: We classified simulated data with the flexible‐beta algorithm for values of beta from −1 to 0. These classifications were subsequently optimized by REMOS1, REMOS2 and OPTSIL and compared for mean silhouette widths, misclassification rate, and runtime. We classified three vegetation data sets from two to ten clusters, optimized all outcomes with the three reallocation methods, and compared their mean silhouette widths, misclassification rate, and number of diagnostic species.

Results: OPTSIL achieved the highest mean silhouette width across the majority of the data sets. REMOS achieved zero or negligible misclassifications, outperforming OPTSIL on this criterion. REMOS algorithms were typically more than an order of magnitude faster to calculate than OPTSIL. There was no clear difference between REMOS and OPTSIL in the number of diagnostic species.

Conclusions: REMOS algorithms may be preferable to OPTSIL when: (a) the primary objective is to reduce the number of negative silhouette widths in a classification, as opposed to maximizing mean silhouette width; or (b) when the time efficiency of the algorithm is important.

2020. június 19., péntek

"Methods in Vegetation Science" - módszertani cikkrovat az IAVS folyóirataiban

A Journal of Vegetation Science-ben és az Applied Vegetation Science-ben indult egy rovat "Methods in Vegetation Science" címmel, amely a módszertani cikkeket állítja reflektorfénybe. A cikkgyűjteménybe visszamenőlegesen 2018-tól kezdődően válogattak publikációkat, és ezeket szabad hozzáférésűvé tették. Örömmel láttam, hogy a válogatásba bekerült a 2018-ban megjelent "Joint optimization of cluster number and abundance transformation for obtaining effective vegetation classifications" című cikkünk.



A jövőben új kéziratokat is lehet ide benyújtani. Ezzel párhuzamosan elindult a "Methods" mint új cikktípus, amelybe új módszerek leírásait, régi és új módszerek összehasonlító tesztjeit, valamint más tudományterületeken fejlesztett módszerek vegetációtudományben történő hasznosításait várják.

2020. március 20., péntek

Vegetációosztályozás növényi jellegek alapján - új cikk a JVS-ben, és ami mögötte van

Megjelent a lengyelországi üde és nedves gyepi növényzet jellegalapú osztályozásáról szóló cikkünk a Journal of Vegetation Science-ben. Ez a cikk a Polonez ösztöndíjas időszakom fő terméke, ezért kicsit bővebben mesélek róla.

Mezofil gyepek a Szudétákban (fotó: Zygmunt Kacki)

Az ökológia utóbbi 10 évének slágertémája a jellegalapú megközelítésé (jelleg = 'trait'). Ez abban a felismerésben gyökerezik, hogy az ökoszisztémák alapvető tulajdonságait nem az határozza meg, hogy az őket alkotó élőlények mely fajokhoz tartoznak, hanem az, hogy milyen jellemzőkkel bírnak. Persze, a jellemzők öröklődnek, ezért nem függetlenek a faji hovatartozástól, de nem igényel bővebb magyarázatot, hogy vannak egymáshoz hasonló, és vannak jobban különböző fajok. A fajalapú megközelítés minden fajt maximálisan különbözőnek lát, ezért a fajok közötti graduális változatosságot elhanyagolja. Ezzel akkor van gond, amikor egy elemzés során olyan mintázatot tárunk fel, ami a kelleténél nagyobb jelentőséget tulajdonít a faji hovatartozásnak. A vegetációosztályozás kontextusában a gyakorlat szempontjából gyakran eléggé mindegy, hogy egy magassásréten a Carex acutiformis, C. gracilis és C. riparia (három magas termetű, igen hasonló felépítésű, nedves réteken és mocsarakban élő sásfaj) közül melyik az uralkodó. Ennél sokkal lényegesebb eltérést jelent, ha egy mocsárréten a kétszikűek (pl. Veronica longifolia, Euphorbia palustris) uralkodnak. Amikor fajalapú osztályozásokat szeretnénk a gyakorlatba implementálni, gyakran kimondva-kimondatlanul korrigálunk erre a jelenségre azzal, hogy például ha két típus csak hasonló fajokban tér el, azokat összevontan kezeljük. Ezek a korrekciók azonban ritkán történnek reprodukálható, objektív módon.


Hasonló kinézetű, nagy darab sásból van több faj is - mocsári sás (Carex acutiformis)

A gyakorlat felől "érezzük" általában, hogy a faji szinten jelentkező eltérések sok mindennek köszönhetők, és gyakran olyan háttértényezőkkel állnak összefüggésben, amik adott helyzetben nem relevánsak, hanem inkább a tájtörténet számlájára írhatók. Nyilvánvaló a szükség olyan vegetációs változókra, amelyek a fontos környzeti grádiensekre robosztusabb módon reagálnak, mint a fajok. 2016-ban jött az ötlet, hogy a jellegalapú vizsgálatok eszköztárát a vegetációosztályozás módszertanával házasítva megpróbáljak olyan robosztus osztályozásokat csinálni, amik a fajalapúaknál jobban megfelelnek a legtöbb gyakorlati kívánalomnak, mert szorosabb kapcsolatban vannak az ökoszisztémák főbb tulajdonságaival. Pályáztam rá OTKA (NKFIH) posztdoktori pályázatot, de nem nyertem. Ekkortájt kérdezték a lengyel kollégák, hogy nem mennék-e ki hozzájuk egy hosszabb-rövidebb időre. Konkrétum és forrás híján erre ködös válaszokat adtam eleinte. Nem sokkal később azonban már pályázati lehetőséggel hívtak. Ez a Polonez ösztöndíj volt, ami egy Marie Curie ösztöndíjnak nagyjából mindenben megfelelő, csak a Lengyel Tudományos Központ által odaítélt, Lengyelországban végzendő kutatási program. "Miért ne próbálnám meg?" - gondoltam, és az esélytelenek nyugalmával az OTKA-n sikertelen pályázatomat kis változtatásokkal lengyel körülményekre alkalmazva, a rövidebb megpályázott időszak miatt kicsit megkurtítva beadtam. Pár hetet dolgoztam vele legfeljebb. Nem mertem volna nagy tételben fogadni sikeremre, ezért párhuzamosan adtam be újra hazai pályázatokat is. Teltek a hetek, hónapok, a bírálók dolgoztak. A Polonez értékelése kétkörös. Az írásbeli anyagok elbírálása után az első valamennyit "behívják" egy szóbeli interjúra, persze, ez Skype-on zajlik. Meglepetésemre engem is beválogattak, 15-20 percben kellett elmondanom a pályázatom lényegét, aztán válaszolni a bírálók kérdéseire. Éreztem, hogy aránylag jól ment, de hát tudni lehetett, hogy ez egy erős mezőny, a kincstári optimizmusomon felül nem sok fogódzóm volt. Aztán jött a megdöbbentő értesítés, hogy nyertem. Közben kaptam a nyertes hazai pályázatok híreit is, ezeket részben lemondtam, részben elhalasztottam. 2017 őszén Wroclawban találtam magam a bővülő családunkkal együtt.

Wroclaw impozáns belvárosa - volt ez ennél szebb is, de hol a fotóm róla???

A projekt fő célja a lengyel üde és nedves gyepek jellegalapú osztályozásának elkészítése, valamint a típusok jellemzése volt funkcionális jellemzők (akkor főképp a diverzitás és a redundancia érdekelt) szempontjából. Egy ilyen munkának a legkínzóbb és legkritikusabb része a szükséges adatbázisok összerendezése. Hogy ez megtörténhetett, azt a lengyel együttműködőknek, Zygmunt Kackinak és Grzegorz Swachának köszönhetem. Kétféle adatmátrixszal dolgoztunk: a lengyel vegetációs adatbázisból származó ~20 000 cönológiai felvétellel, illetve a LEDA-ból és a CLO-PLA-ból származó növényijelleg-adatokkal. A kettő összefésülése, a fajlisták egységesítése, a hibák manuális kiszűrése és javítása főképp Grzegorz érdeme volt.
A célfolyóiratnak a Journal of Vegetation Science-et néztem ki. A kézirat első verziója azonban jóval leíróbb volt, mint ami végül megjelent. A típusokról aránylag hosszú ismertetéseket írtunk, és ez nem igazán tetszett sem a bírálóknak, sem a szerkesztőnek. Valójában ez érthető, hiszen a JVS inkább az általánosságokat és a koncepcionális eredményeket szereti az osztályozó cikkekben is. Úgyhogy jelentősen redukáltuk a kéziratban ezeket a részeket, helyette betettünk jobban általánosítható, modellszerűbb elemeket. Így került a cikkbe például a jellegalapú és a fajalapú osztályozás statisztikai összehasonlítása (amely amúgy nem igazán konkluzív, írjuk is a diszkusszióban, de az egyik bíráló kifejezetten kérte, úgyhogy megkapta), valamint az 'influence index', amivel az egyes fajoknak az osztályozásra gyakorolt hatását számszerűsítettük. Utóbbit a témáról szóló korábbi előadásaimban már mutattam, csak a cikkhez nem éreztem fontosnak először. A főszövegből száműzött leírások egy része az appendixben kötött ki. Végül bő egy és negyed év és 3 bírálati kör kellett az elfogadáshoz, ami átlagosnak mondható ennél a folyóiratnál.

Mit ad(hat) a cikk szakmailag? A jellegalapú osztályozás mint ötlet felmerülése nem véletlen és nem váratlan, hiszen osztályozásokat sokféle célra használnak, általános tendencia a növényi jellegek alkalmazása fajok helyett, és igyekszünk minél több mindent formalizálni statisztikai módszerek segítségével. Olyannyira, hogy Hérault és Honnay (2007) csináltak már ilyet, csak sokkal kisebb mintával, sokkal lokálisabb kérdésen dolgoztak. Talán ennek is köszönhető, hogy a cikkük aránylag észrevétlen maradt mind a traites, mind a klasszifikációs kutatói közösség számára - én magam is csak úgy értesültem róla, hogy az egyik szerzőt megkaptam bírálónak, és vállalta a nevét. :)
Az elemzés egy megkerülhetetlen pontja a felvételek közti disszimilaritások számszerűsítése. Erre a célra már számos módszert javasolt a témában aktív néhány szerző, ezeket azonban ekkora mintára rettentő időigényes kiszámolni. Úgy döntöttünk, hogy egyszerűen vesszük minden felvétel súlyozott átlagát (CWM, 'community weighted mean') minden traitre mint változókra, majd ezek között egyszerű euklidészi távolságot számolunk. Egyszerű, de hatékony megoldásnak tűnt, ami a későbbi, jelenleg is folyamatban lévő teszteken is jól teljesít. A CWM-et a traites ökológusok igen változatosan ítélik meg, a bírálatokban is kaptunk kritikát emiatt. A lényeg az, hogy a CWM egy aggregált mérőszám, és a közösségeknek az adott traitgrádiens mentén felvett átlagos pozívióját mutatja meg robosztus módon. Nagy körültekintéssel alkalmas csak hipotézistesztelése a trait-környezet kapcsolatról, nem mutatja ki a diverzitásban jelentkező változást, továbbá nüansznyi különbségeket nem érdemes benne túlértelmezni. Mi e három célra nem használtuk a CWM-et, szerintem korrekten jártunk el.


A közönséges lizinka (Lysimachia vulgaris) uralta típust csúnyán félreosztályozta a Ward-féle módszer, de a REMOS helyre tette

Szintén kardinális kérdés volt az osztályozási algoritmus megválasztása. Euklidészi távolságokkal dolgozván a Ward-féle módszer mellett tettük le a voksunkat, mert ez hasonló méretű és szférikus alakú csoportokat (vagyis két dimenzióban köröket) különít el - ez egy előnyös tulajdonság általában. Ugyanakkor azt tapasztaltuk, hogy a fenti csoportalakot kicsit túlerőlteti a módszer, emiatt a sok, igen jól értelmezhető csoport mellett egy-két egyértelműen heterogén klaszter is adódott. Eleinte ezeket elfogadtam osztályozási hibának, aztán inkább azon voltam, hogy találjak (vagy kitaláljak) valami módszert az osztályozás formalizált, statisztikán alapuló kijavítására. Így született meg a REMOS nevű módszer, amiről gyorsan írtunk egy preprintet a bioRxivra, amit így már tudtunk hivatkozni. (Jelenleg bírálat alatt van.) Így már kimondottan jól értelmezhető és módszertanilag konzisztens lett a klasszifikáció.
A kapott típusok elsősorban a domináns fajok szerint különültek el, főleg úgy, hogy a sajátos jellegkombinációval rendelkező fajok uralta típusok markáns csoportokat alkottak, míg a kiegyenlített tömegességi eloszlású, vagy nem egyedi jellegkombinációjú fajok uralta típusok nagy, fajkompozíció és ökológiai háttér szempontjából heterogén klaszterekként tűntek fel. Lett például saját típusa a franciaperjének (Arrhenatherum elatius), az erdeikákának (Scirpus sylvaticus), a szittyóknak (Juncus spp.) és a fehér tippannak (Agrostis stolonifera). Elég jól elkülönültek az erősen legeltetett és taposott gyepek a magasabb füvűektől, amiket inkább kaszálnak.
Az 'influence index' egy szemléltető eszköznek indult, amivel az osztályozásra nagy hatást gyakoroló fajokat akartam nagyobb betűmérettel feltüntetni egy ábrán. Maga az index a faj funkcionális egyediségének és az abundanciája szórásának a mértani közepe. A funkcionális egyediséget az összes faj átlagos traitértékétől vett távolsággal számszerűsítettem. Mindkét összetevőt 0 és 1 közé standardizáltam. Végül is valóban szépen és egyszerűen mutatja, hogy azoknak a fajoknak lesz nagy hatása az osztályozásra, amelyek abundanciája nagyon változó, és amelyek mindemellett sajátos jellegkombinációval bírnak.

Egy funkcionálisan egyedi faj, a közönséges erdeikáka (Scirpus sylvaticus) uralta mocsárrét (fotó: Grzegorz Swacha)

Hogyan tovább? Nagyon hasonló témán dolgozom, csak lengyel helyett kiskunsági gyepekkel. A lengyel adatbázis földrajzilag nagy területet ölelt fel, de a környezeti változatosság nem volt benne nagyon nagy semelyik grádiens mentén. A Kiskunságban másképp van, itt a nedves rétektől egészen a félsivatagias nyílt homokpusztagyepig terjed a minta lefedettsége, viszont lényegesen szűkebb területet reprezentálnak majd a felvételek. Ez érdekes különbséget jelenthet, kíváncsian várom, mennyi új tapasztalatot nyújt majd. Egyes alapvető lengyel tapasztalatok bizonyára érvényesek lesznek, például a domináns és funkcionálisan egyedi fajok fontossága, de az már kevésbé egyértelmű, hogy a fajkompozíciós mintázattal ez mennyire vág egybe. Nem kérdés a jellegek kiválasztásának kulcsszerepe sem. Nagy érdeklődéssel várom továbbá, hogy jellegalapú osztályozások a gyakorlatibb felhasználási célokat mennyire elégítik ki.

A cikkről írtunk egy könnyen olvasható összefoglalót ('plain language summary'-t) az IAVS blogjára. Az eredeti publikáció hivatkozása, linkje és absztraktja:

Lengyel, A, Swacha, G, Botta‐Dukát, Z, Kącki, Z. Trait‐based numerical classification of mesic and wet grasslands in Poland. J Veg Sci. 2020; 31: 319– 330. https://doi.org/10.1111/jvs.12850



Abstract

Questions: What vegetation types can be distinguished on the basis of plant functional traits using numerical classification? How do they match syntaxonomical units?
Location: Poland.
Methods: Six thousand nine hundred and eighty‐five vegetation plots representing mesic and wet grasslands (Molinio‐Arrhenatheretea, Polygono‐Poetea) were retrieved from the Polish Vegetation Database. Plant functional trait data were assembled from the LEDA and Clo‐Pla databases for most species occurring in the data set. Community‐weighted mean for five traits were calculated for each plot: specific leaf area, canopy height, seed mass, bud bank index and clonality index. Plots were classified using Ward's method and iterative relocation based on silhouette widths. The clusters were interpreted and characterized on the basis of species and trait composition, functional diversity, functional redundancy, Ellenberg indicator values, and geographical distribution. The similarity between the trait‐based classification and the syntaxonomical assignment of plots is evaluated both statistically and by expert knowledge.
Results: Twelve clusters were distinguished. The classification mirrored the main gradients structuring grasslands in Poland, although, some vegetation types with the strong dominance of functionally unique species appeared more distinct than they are treated in syntaxonomy. Clusters did not differ significantly in functional diversity and redundancy. The differences of clusters in species and trait composition and environmental background are discussed.
Conclusion: The application of trait data and numerical methods is a promising approach for obtaining vegetation classifications. Such classifications can be in closer relationship with the most important ecosystem processes than floristic classifications because communities comprising different species but similar functional trait distribution are not separated. Trait‐based classifications match phytosociological units to a variable degree. Functional uniqueness and variation of abundance determines how individual species influence the delimitation of vegetation types using our approach.

2019. március 8., péntek

A vegetációtudomány frontvonalai



A Journal of Vegetation Science-ben megjelent egy szerkesztői cikk, amelyben megnevezik azokat a témákat, amelyek az utóbbi 30 évben a legtöbb előrelépést hozták, továbbá felsorolják a jövőbeli fejlődés várható irányait. Mindkét lista jó áttekintés szerintem a tudományág közelmúltbeli és várható tematikájáról, ezért az alábbiakban vázlatosan közlöm őket:

Az utóbbi 30 év legfontosabb fejleményei:

  1. Ökoinformatika: adatbázisok és új elemzési módszerek
  2. A funkcionális jellegeken alapuló perspektíva meggyökeresedése
  3. Filogenetikai vizsgálatok a vegetációtudományban
  4. A regionális folyamatok lokális növényközösségekre gyakorolt hatásának megértése
  5. Nemzeti és nemzetközi sztenderdek bevezetése a durva léptékű, leíró kutatásban
  6. Időben hosszútávú kutatások

... és ami feltűnik a láthatáron:

  1. Az elmúlt 30 évben fontosnak jelölt témák további virágzása
  2. Új technológiák - ezalatt elsősorban a vegetációkutatásban eddig kevéssé használt DNS-adatok (pl. környezeti DNS), valamint az újfajta adatgyűjtési technikákkal, pl. távérzékeléssel, drónokkal, robotokkal gyűjtött adattípusok elterjedését értik.
  3. Az eddig alulkutatott földrajzi területek kutatása - sok ilyen van, lényegében a kulturálisan és gazdaságilag a "nyugati világhoz" sorolható országok kivételével majdnem minden
  4. Az ember és a növényzet kölcsönhatásának vizsgálata - a téma ma is terítéken van, de a figyelem fokozódása várható iránta
  5. A vegetációtudomány elméleti alapjainak megszilárdítása
Kutatóként érdekes végiggondolnom, hogy a múltbeli és a jövőbeli kutatási témáim hogyan illeszkednek a fentiekhez. A múltbeli témák közül az 1., 2. és 5. pontok egész közelről érintik a munkámat, és a 4. is vissza-visszatérően foglalkoztat elméleti szinten. A jövőbeliek közül az 1. triviális, ezeken kívül (számításaim szerint) a 4.-hez és az 5.-hez lesz a legtöbb közöm. De, ki tudja, talán egyszer még a Celebesz-szigeteken fogom gyűjteni a környezeti DNS-t...? :)

A szóban forgó cikk elérhetősége:

2018. november 23., péntek

Fiatal kutatók munkái az IAVS folyóirataiban



A Nemzetközi Vegetációtudományi Társaság (IAVS) fiatal kutatókat felölelő munkacsoportja kezdeményezésére megjelent a Journal of Vegetation Science és az Applied Vegetation Science közös virtuális különszáma, amely a szövetség két folyóiratában megjelent, karrierjük elején álló kutatók által írt cikkeket fog össze. A legutóbbi JVS-cikkem nekem is bekerült a felsorolásba, és örvendetes, hogy nem vagyok egyedüli magyar a listán (ld. Sonkoly Judit cikkét). A különszám elérhető itt, továbbá beszámol róla a két lap közös blogja. Az IAVS Young Scientists Section egyébként várja a nemzetközi kapcsolatépítés iránt nyitott fiatal kutatókat.

2018. január 22., hétfő

Az adattranszformáció és a csoportszám megválasztásának hatása az osztályozás jóságára - új cikk a Journal of Vegetation Science-ben

A numerikus vegetáció-osztályozás során meghozott módszertani döntések meghatározzák, hogy milyen eredményt kapunk az elemzés végén, és abból milyen következtetéseket vonunk le. Online már elérhető az a cikkünk a Journal of Vegetation Science folyóiratban, amelyben azt mutatjuk be, hogyan változik az osztályozások stabilitása, ha az abundancia-transzformáció módját és a csoportszámot változtatjuk. A jelenség illusztrálására különböző valós és szimulált adatsorokat használtunk. A módszertani döntések és a stabilitás összefüggését kétdimenziós "hőtérképeken" mutatjuk be, ahol az abundancia-transzformáció egy paramétere jelenti az egyik, a csoportszám a másik tengelyt, a kettő metszetében lévő cellák színe pedig a stabilitás mértékét. A legstabilabb osztályozást adó csoportszám változhat az adattranszformáció módjával, és ez elsősorban monodomináns felvételek alkotta vegetációtípusokban (pl. mocsári növényzetben) várható. Ha egyformán indokolható választásnak tartunk többféle adattranszformációs módszert és/vagy csoportszámot, akkor érdemes e két döntés minden értelmes kombinációjában lefuttatni az osztályozást, és valamilyen erre való (validitási) indexszel kiválasztani a legjobbat. Az elemzés R kódja elérhető a cikk mellékleteként, és remélhetőleg hamarosan a Juice szoftverben is helyet kap.

A mocsári adatsorunk esetén minél nagyobb súlyt kaptak a tömegességbeli különbségek, annál magasabb volt az osztályozások stabilitása, és annál magasabb volt a legstabilabb osztályozás csoportszáma


Abstract
Question: Is it possible to determine which combination of cluster number and taxon abundance transformation would produce the most effective classification of vegetation data? What is the effect of changing cluster number and taxon abundance weighting (applied simultaneously) on the stability and biological interpretation of vegetation classifications?
Locality: Europe, Western Australia, simulated data.
Methods: Real data sets representing Hungarian submontane grasslands, European wetlands, and Western Australian kwongan vegetation, as well as simulated data sets were used. The data sets were classified using the partitioning around medoids method. We generated classification solutions by gradually changing the transformation exponent applied to the species projected covers and the number of clusters. The effectiveness of each classification was assessed by a stability index. This index is based on bootstrap resampling of the original data set with subsequent elimination of duplicates. The vegetation types delimited by the most stable classification were compared with other classifications obtained at local maxima of the stability values. The effect of changing the transformation power exponent on the number of clusters, indexed according to their stability, was evaluated.
Results: The optimal number of clusters varied with the power exponent in all cases, both with real and simulated data sets. With the real data sets, optimal cluster numbers obtained with different data transformations recovered interpretable biological patterns. Using the simulated data, the optima of stability values identified the simulated number of clusters correctly in most cases.
Conclusions: With changing the settings of data transformation and the number of clusters, classifications of different stability can be produced. Highly stable classifications can be obtained from different settings for cluster number and data transformation. Despite similarly high stability, such classifications may reveal contrasting biological patterns, thus suggesting different interpretations. We suggest testing a wide range of available combinations to find the parameters resulting in the most effective classifications.


2017. január 1., vasárnap

#365papers: 2016-os összegzés

2016-ban megpróbáltam teljesíteni a #365papers kihívást, amely arról szól, hogy az év minden napján el kell olvasni egy tudományos cikket. Az év összes napja helyett csak munkanapokkal számolva egyesek a 260 cikket célozzák meg (#260papers néven), de a lényege ugyanaz - olvassunk minél többet, ezzel tegyük magunkat naprakésszé a tudományterületünkön, és motiváljunk másokat is. A kihívás kezdetekor írtam egy bővebb bejegyzést róla, itt olvasható, aztán amikor 50 cikknél jártam, röviden beszámoltam a helyzetről. Tegnap vége lett 2016-nak, így ideje számot vetni a cikkolvasó kihívás eredményeivel.

Nos, a kitűzött célt számok tükrében megközelíteni sem sikerült: 135 cikkig jutottam, ami a munkanapokra szabott verziónak kicsivel több, mint a fele. A teljes lista itt olvasható. Ezek azok a cikkek, amelyeknek legalább 2 fejezetét (pl. Bevezetés és Diszkusszió), valamint az absztraktját végigolvastam. Nem szerepelnek köztük saját szerzőségű közlemények, bírált kéziratok, könyvfejezetek, blogbejegyzések és ismeretterjesztő cikkek. Néhány gondolat a kihívás eredményéről:

  • Bár teljesíteni közel sem sikerült, élveztem a plusz motivációt, ami tudatosabb és rendszeresebb szakirodalmazásra ösztökélt. Biztos vagyok benne, hogy a korábbi években nem olvastam ennyit. Más kutatók blogjait és Twitter oldalait megnézve aránylag kevesen mondhatják el magukról, hogy teljesítették az év elején kitűzött célt.
  • A kihívás megváltoztatta az olvasási szokásaimat. Előfordult, hogy egy cikkből csak egy-két információmorzsa lett volna érdekes számomra, de mégis végigolvastam, hogy a listát gyarapíthassam.
  • Rövid cikkek elolvasására könnyebben rászántam magam, mint hosszabbakéra.
  • Nagyon sokszor segítségemre volt a cikkek listája, amit folyamatosan vezettem, amikor kéziratok hivatkozásait állítottam össze, vagy más okból kellett visszakeresnem a korábbi olvasmányaimat.
  • Több olyan cikkel találkoztam, ami a kutatómunkámhoz jó ötleteket adott - és ez a lényeg, hiszen a cikkolvasás önmagában nem ér sokat, ha a megszerzett gondolatok és ismeretek nem adnak hozzá semmit a munkámhoz.
Megint készítettem címkefelhőt a cikkek címeiből, íme:


Döntően növényi közösségi ökológiai, funkcionális és fajdiverzitással kapcsolatos cikkeket választottam, s melléjük becsúszott egy-egy madaras olvasmány is. Készítettem egy kimutatást a legtöbbet olvasott folyóiratokról is, a "győztes" a Journal of Vegetation Science lett, ezüstérmes a Methods in Ecology and Evolution, míg a harmadik helyen a TREE, a PLoS ONE és az Ornis Hungarica osztozik.
Az olvasott cikkek megoszlása folyóiratok között (min. 2 cikk/folyóirat)

A cikkek évek közti megoszlása pedig a következő.



Nehéz lenne az elolvasott cikkeket rangsorolni, vagy akár csak a legjobb néhányat kiválasztani. Nem is próbálok tárgyilagos értékelést alkotni, inkább csak egyfajta szubjektív élmény alapján kiválasztok néhány kiváló művet. A kedvenc cikkeim tehát:



  • Hooper et al. 2005. Effects of biodiversity on ecosystem functioning: a consensus of current knowledge. Ecological Monographs
  • Cornell & Harrison 2014. What are species pools and when are they important? Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics
  • Vellend 2010. Conceptual synthesis in community ecology. The Quarterly Review of Biology
  • Ricotta et al. 2016. Measuring the functional redundancy of biological communities: A quantitative guide. Methods in Ecology and Evolution
  • Lyons et al. 2016. Model-based assessment of ecological community classifications. Journal of Vegetation Science
  • Storch 2016. The theory of the nested species-area relationship: Geometric foundations of biodiversity scaling. Journal of Vegetation Science


  • A kihívásnak 2017-ben is nekifutok, aztán meglátjuk, meddig jutok. Remélem, sikerült másnak is meghoznom a kedvét az olvasáshoz!

    2015. június 16., kedd

    Hibajegyzék / Errata: Lengyel & Podani (2015)

    Sajnos a nem rég megjelent cikkünk végleges verziójába néhány hiba csúszott, melyek javítása alább olvasható.

    A cikk hivatkozása:

    Lengyel, A., Podani, J. (2015), Assessing the relative importance of methodological decisions in classifications of vegetation data. Journal of Vegetation Science, 26: 804–815. doi: 10.1111/jvs.12268


    Hibajegyzék

    806. oldal, az 1. egyenlet helyesen:



    806. oldal, 15. sor, az 1. egyenlet alatt: a hibás "[0; 16]" helyett helyesen "(0; 16]" értendő;

    808. oldal, bal oldali bekezdés: "The three most" helyett helyesen "The four most";

    808. oldal, jobb oldali bekezdés, második sor: "P = 1.23e-31" helyett helyesen "P = 1.26e-31";

    814. oldal, Kenkel et al. (1989) cikk korrekt hivatkozása: Kenkel, N.C., Juhász-Nagy, P. & Podani, J. (1989): On sampling procedures in population and community ecology. Vegetatio 83: 195–207.


    *******************************************************************************
    Unfortunately, some mistakes remained in the published version of our recent paper, for which we suggest corrections below.

    Citation:

    Lengyel, A., Podani, J. (2015), Assessing the relative importance of methodological decisions in classifications of vegetation data. Journal of Vegetation Science, 26: 804–815. doi: 10.1111/jvs.12268


    Errata

    page 806, equation 1 should read:


    page 806, line 15, below eq. 1: "[0; 16]" should be replaced by "(0; 16]"

    page 808, left column, last line: "The three most" should read "The four most"


    page 808, right column, second line: "P = 1.23e-31", should read "P = 1.26e-31"


    page 814, the correct citation of Kenkel et al. (1989) is: Kenkel, N.C., Juhász-Nagy, P. & Podani, J. (1989): On sampling procedures in population and community ecology. Vegetatio 83: 195–207.

    2015. január 24., szombat

    A vegetációosztályozást befolyásoló döntésekről - cikk a Journal of Vegetation Science-ben

    A növényzeti típusok megkülönböztetése és lehatárolása nagy mértékben segíthető statisztikai alapú eljárásokkal, amelyek az osztályozás lépéseit reprodukálhatóbbá, átláthatóbbá teszik. Ahogyan azonban már a klasszifikációról szóló bejegyzéseimben említettem, a numerikus osztályozáshoz is szükség van módszertani döntésekre: döntenünk kell a terepi adatgyűjtés részleteiről, majd az adatokban rejlő információ felfedésének és értelmezésének módjairól. Ma vált elérhetővé a rangos Journal of Vegetation Science nevű folyóirat honlapján a Podani Jánossal írt cikkünk, amelyben azt vizsgáltuk, hogy bizonyos módszertani döntések számszerűsíthetően milyen mértékben befolyásolják az osztályozás végeredményét, tulajdonképpen: mi a döntések "fontossági sorrendje". A kérdést egy sziklagyepi térsorozati adatsoron és egy hasonló struktúrájú, de random szerkezetű, szimulált adatsoron vizsgáltuk.



    Elemzéseinkben az osztályozó algoritmus, a csoportok száma, az átlagos kvadrátméret és az adattranszformáció módjának megválasztása kulcsfontosságúnak bizonyult. Ezekhez képest kisebb, de esetenként szignifikáns hatása volt a kvadrátméretek változatosságáról, valamint a felvételek közti hasonlóságok számszerűsítésének módjáról (vagyis a hasonlósági indexről) szóló döntéseknek.

    A cikk hivatkozása, elérhetősége és absztraktja:


    frissítés (2015.06.14): A cikk nyomtatott verziójának citációja a következő:

    Lengyel, A., Podani, J. 2015. Assessing the relative importance of methodological decisions in classifications of vegetation data. Journal of Vegetation Science 26: 804–815. doi: 10.1111/jvs.12268

    Abstract
    Questions
    What is the relative importance of our methodological decisions concerning sampling (plot size) and data analysis (data transformation, resemblance coefficient, hierarchical clustering strategy and number of clusters) in vegetation classification? Are there differences between the conclusions when the full range or only a more practical narrow range of methodological choices is tested? What is the difference between results for actual and random data?

    Location
    Rock grassland in Hungary.

    Methods
    The full procedure of vegetation classification was simulated using actual and random data. Variation in classification results was partitioned using distance-based redundancy analysis. The RDA models were subjected to variation partitioning to determine the relative importance of methodological decisions.

    Results
    RDA models explained more variation in classifications of random than in real data. Classification algorithm, cluster level, data transformation and mean plot size were always included among the most significant variables, however, the other variables also had a considerable effect in certain situations.

    Conclusions
    As adjusted R2 values suggest, the overall effect of methodological decisions on classifications is larger for randomly structured than actual data, due possibly to a stronger clustering tendency in the latter. The clustering algorithm, cluster level, data transformation and plot size should be chosen most carefully before classification analyses, but any of the examined decisions can significantly affect the result. In addition to the mean, the range of plot sizes should also be carefully delimited during relevé selection for classification studies. The main decision about the classification algorithm is whether a chain-forming or group-forming method is used. The data transformation had a more significant effect on real data than on simulations with random variation, thus supporting the ability of the application of different abundance scales in revealing different facets of biologically relevant patterns in community composition. The resemblance measure had a relatively weak effect, suggesting that it is not as influential as previously thought.

    Keywords
    Data transformation; Flexible clustering; Model selection; Multivariate analysis; Plot size; Resemblance measure