Translate

A következő címkéjű bejegyzések mutatása: cikk. Összes bejegyzés megjelenítése
A következő címkéjű bejegyzések mutatása: cikk. Összes bejegyzés megjelenítése

2025. november 7., péntek

Florisztikai adatok Észak-Pest és Nyugat-Nógrád térségéből - új cikk a Kitaibeliában

A botanika tudományában az a jó, hogy kellő szenvedély megléte esetén szinte folyamatosan, különös megterhelés nélkül (most nem számolva a társaságunkat alkotó személyek terhelésével) művelhető. Sőt még publikálható anyag is lehet belőle, ha elég érdekes fajokat talál az ember. A florisztikai cikkeket részben ezért szeretem: a növénytalálásokhoz fűződő sztorik, illetve az adatleírásokon átszűrődő hétköznapi valóságmorzsák miatt. (Az egyik kedvencem itt olvasható, a 18-as számú oldalon, a Hordeum jubatum megtalálásáról.) Döntően ilyen hétköznapi, nem céltudatos munka gyümölcseként gyűjtött adatokat írtam meg egy cikkben, ami nemrég jelent meg a Kitaibelia folyóiratban. Van benne találat a saját kertemből, strandon, vezetés közben a kocsiból kipillantva, kreszparkban, mindenféle hétköznapi szituációban - persze, a cikkből a magánjellegű részletek ritkán derülnek ki. Cserébe álljon itt egy fotós melléklet néhány kedvenccel.

Lengyel, A. (2025). Florisztikai adatok Észak-Pest és Nyugat-Nógrád vármegyék térségéből. Kitaibelia, 30(2), 193–202. https://ojs.lib.unideb.hu/kitaibelia/article/view/16348

Nagy ugarpalástfű (Aphanes arvensis, Alchemilla a.) - Az Északi-középhegységre új vagy majdnem új fajként találtam meg a kertünkben, aztán többfelé a környéken, pl. egy kreszparkban.

Alacsony libatop (Chenopodium pumilio, Dysphania p.) - Több érdekes bánki növényelőfordulás köszönhető már annak, hogy családtagjaimmal ellentétben a strandolást meglehetősen unom, köztük a legjelentősebb ez a faj.

Sóvirág (Limonium gmelinii) - Rendületlenül terjed észak felé az M2 mentén, ám a forgalom miatt fotózni nehéz. Egyszer a vezető melletti ülésről végigkameráztam az utat, abból készült ez a kivágat.

Dárdás vesepáfrány (Polystichum lonchitis) - Még a januári sivárságban, orvoshoz menet vettem észre omladozó épületek árnyékában egy zöld, mohás foltot, ott leledzett a cikk talán legjelentősebb faja.

Fonák here (Trifolium resupinatum) - Tavaly májusban találtam a fajt az Északi-középhegységre újként Halász Alexandra Kosdon, de mire odaértem, hogy megnézzem, lekaszálták. Mit ad Isten, 3 hét múlva a házamtól 5 percre találtam belőle egy nagy állománnyal.

Szőrös betyárkóró (Erigeron bonariensis) - Egyszer a falunkban biciklizve elkalandoztak a gondolataim, és a házunktól néhány száz méterre nem ott kanyarodtam el, ahol szoktam, hanem ezzel egyenrangú útvonalatra vezetvén egy kereszteződéssel később. Majdnem lefordultam a bringáról, amikor megláttam a korábban elkerült út szélén a fajt tömegben virágozni, hiszen ennyire északról Magyarországon eddig nem volt ismert.


2025. szeptember 29., hétfő

Új cikk a többfajú inváziókról a JVS-ben

Majdnem pontosan egy éve zárult a többfajú inváziókkal foglalkozó OTKA-projektem, amelyben Veresegyház és Szada környéki homoki parlagokon vizsgáltam, hogy a selyemkóró (Asclepias syriaca) és az aranyvesszőfajok (főleg a Solidago gigantea, kisebb részben S. canadensis) együttes dominanciája hogyan hat az elfoglalt növényközösség fajgazdagságára, funkcionális diverzitására és összetételére, illetve hogy változtatnak-e egymás hatásán.

Terjedő selyemkóró és magas aranyvessző a szadai "homokpusztán"

Bár a selyemkóró uralma látványos a homoki élőhelyeken, gyakorlatilag semmiféle hatását nem tapasztaltam a kísérőfajok sokféleségére és kompozíciójára nézve. Ezzel szemben az aranyvessző uralma csökkentette a közösség növényi fajszámát. Valamelyest változtatott a többi faj funkcionális összetételén is, de összességében nem találtam kielégítő magyarázatot az aranyvessző hatásmechanizmusára a vizsgált növényi jellegek alapján. Természetesen ha egy faj dominánssá válik egy közösségben, a növény jellegei és funkciói is uralkodóak lesznek az adott közösségben, így mind a selyemkóró, mind az aranyvessző dominanciája a maga módján átalakítja a közösség egészét.

Az eredményeket bemutató publikáció néhány napja jelent meg a Journal of Vegetation Science folyóiratban. A szabad hozzáférésű cikk linkje és összefoglalója alább látható:

Lengyel, A. 2025. Beyond Single Invaders: Disentangling the Effects of Co-Invading Alien Forbs on Sandy Old-Fields. Journal of Vegetation Science 36(5): e70068. https://doi.org/10.1111/jvs.70068.

ABSTRACT

Aims

Invasive alien plants can severely impact ecosystem diversity and function. While the effects of individual species are often studied, interactions between multiple invasive species are less understood. This study examines how Asclepias syriaca and Solidago spp. (including Solidago gigantea and S. canadensis) influence taxonomic and functional diversity in sandy old-fields. The aims are to: (1) assess the individual and combined impacts of Asclepias and Solidago on resident plant diversity and (2) determine whether interactions between these species alter their effects on the invaded community.

Location

Gödöllő Hills, Central Hungary.

Methods

I sampled 80 plots (2 m × 2 m) on sandy old-fields with varying levels of Asclepias and Solidago cover. Plant species cover was visually estimated, and trait data were obtained from databases. Species richness, community completeness, and community-weighted means (CWM) for plant traits, along with Rao functional diversity, were analyzed. Generalized linear and mixed models were used to evaluate the effect of invasive cover on resident diversity and traits, both with and without considering the invasives' traits in community indices.

Results

While Asclepias had no significant effect, Solidago cover significantly reduced species richness and community completeness. When invasive species traits were excluded from the analysis, only the CWM and Rao's diversity of the bud bank index were significantly related to Solidago cover. Including the invasives' traits revealed that their trait values influenced community indices significantly. Asclepias and Solidago cover were negatively correlated, but did not alter each other's effects.

Conclusions

Solidago has a stronger negative impact on resident species richness than Asclepias, which appears neutral. Trait-based mechanisms underlying reduced species richness under Solidago dominance require further investigation. The lack of interaction between these invaders suggests their individual impacts dominate over potential synergies or antagonisms.


2025. szeptember 8., hétfő

Cikkek a tavaszi kankalin felemásbibéjűségét vizsgáló kutatásból

Már Darwin is nagy csodálója volt a felemásbibéjűség (vagy heterosztília) nevű jelenségnek - így hívjuk ugyanis azt, amikor a növényfaj egyes egyedei a bibeszáluk hossza alapján több típusba sorolhatók. Megerősíthetem, hogy ennek a morfológiai jelenségnek minél több ökológiai, genetikai, evolúciós, és még ki tudja milyen vonatkozására derül fény, annál lenyűgözőbb. Olvassatok utána, többször írtam már róla.

Tavaszi kankalin (Primula veris)

2021-ben kapcsolódtunk be Csecserits Anikó kollégámmal egy nemzetközi kutatásba, amely során közösségi tudományos módszerekkel gyűjtöttünk adatokat a tavaszi kankalin állományaiban az eltérő bibehosszúságú virágtípusok arányairól. Arra kértük az önkéntes adatszolgáltatókat, hogy keressenek egy kankalin állományt, becsüljék meg a populáció méretét, és 100 egyeden számolják meg a rövid és a hosszú bibéjű egyedeket. A hazai adatok 27 más országéival együtt kerültek elemzésre. Néztük, hogy mennyire teljesül a populációkban az elmélet alapján várt 50-50%-os típusarány, illetve hogy milyen táji változók állhatnak az egyenetlen típusarány mögött. A kutatás gyümölcsei most kezdtek beérni.

A típusarányok gyakran voltak egyenlőtlenek, és összességében 9%-al több rövid bibéjű egyedet találtak az adatbeküldők. A kisebb populációkban jelentősebbek voltak az eltérések. A nyári csapadék mennyisége, valamint a tájhasználat intenzitása is pozitív kapcsolatban volt a rövid bibéjűek gyakoriságával.

A kankalinpopuláció szaporodása akkor működik ideálisan, ha mindkét típus azonos arányban van jelen. Ha ez az egyensúly eltolódik, akkor hiába alkotja valamennyi egyed az állományt, szaporodás szempontjából annál kisebb állomány módjára működik. Kis populációk, elégtelen megporzás vagy drasztikusan egyenlőtlen típusarány esetén a populációban előnybe kerülhetnek a heterosztíliát kevésbé mutató egyedek, amelyek képesek lehetne ön- vagy rokonmegporzásra is. Nagy kérdés, hogy a tavaszi kankalin vajon efelé sodródik-e, és hogy miféle evolúciós előnyöket élvez a rövid bibéjű típusa.

Az eredményeinkből eddig két cikk született: egy esettanulmány a Journal of Ecology-ban és egy összefoglaló cikk a heterosztília természetvédelmi vonatkozásairól az AoB Plants folyóiratban. Az összefoglalókat alább találjátok:

Aavik, T., Reitalu, T., Kivastik, M., Reinula, I., Träger, S., Uuemaa, E., Barberis, M., Biere, A., Castro, S., Cousins, S.A., Csecserits, A., Dariotis, E., Fišer, Ž., Grzejszczak, G., Huu, C.N., Hool, K., Jacquemyn, H., Julien, M., Klisz, M., Kmoch, A., Krigas, N., Lengyel, A., Lenhard, M., Moges, D.M., Münzbergová, Z., Niinemets, Ü., Odé, B., Pánková, H., Pärtel, M., Pätsch, R., Petanidou, T., Plue, J., Puchałka, R., Rienks, F., Samartza, I., Sheard, J.K., Stojanova, B., Töpper, J.P., Tsoktouridis, G., Uzunov, S., & Zobel, M. (2025). A pan‐European citizen science study shows population size, climate and land use are related to biased morph ratios in the heterostylous plant Primula veris. Journal of Ecology, 00, 1–19. https://doi.org/10.1111/1365-2745.14477

Abstract

  1. The distylous plant Primula veris has long served as a model species for studying heterostyly, that is the occurrence of multiple floral morphs within a population to ensure outcrossing. Habitat loss, reduced plant population sizes, and climate change have raised concerns about the impact of these factors on morph ratios and the related consequences on fitness of heterostylous species.
  2. We studied the deviation of floral morphs of P. veris from isoplethy (i.e. equal frequency) in response to plant population size, landscape context and climatic factors, based on a pan-European citizen science campaign involving observations from 28 countries. In addition, we examined the relative frequency of morphs to determine whether landscape and climatic factors disrupt morph frequencies or whether a specific morph has an advantage over the other.
  3. Theory predicts equal frequencies of short-styled S-morphs and long-styled L-morphs in populations at equilibrium. However, data from >3000 populations showed a substantial morph deviation from isoplethy and a significant excess of S-morphs (9% higher compared to L-morphs). Deviation of morph frequency from equilibrium was substantially stronger in smaller populations and was not affected by morph identity. Higher summer precipitation and land use intensity were associated with an increased prevalence of S-morphs.
  4. Five populations containing individuals exhibiting short homostyle phenotypes (with the style and anthers in low positions) were found. Genotyping of the individuals at CYP734A50 gene of the S locus, which determines the length of the style and the position of anthers of P. veris, revealed no mutations in this region.
  5. Our results based on an unprecedented geographic sampling suggest that changes in land use and climate may be responsible for non-equilibrium morph frequencies. This large-scale citizen science initiative sets foundations for future studies to clarify whether the unexpected excess of S-morphs is due to partial intra-morph compatibility, disruption of heterostyly or survival advantage of S-morphs.
  6. Synthesis. Human-induced environmental change may affect biodiversity indirectly through altering reproductive traits, which can also lead to reduced fitness and genetic diversity. Further research should consider the possible role of pollinators in mediating the ecological and evolutionary consequences of recent landscape and climatic shifts on plant reproductive traits.


Abstract

The widespread loss and fragmentation of habitats have caused significant declines in biodiversity. Among plants, animal-pollinated species are particularly threatened because of the negative effects of these factors on pollinators. Heterostyly is a unique reproductive system defined by two or three floral morphs having a distinct position of anthers and style. The spatial separation of reproductive organs, accompanied by a self-incompatibility system, restricts self-pollination and favours pollinator-mediated pollen transfer between different morphs. In this review, we synthesize knowledge about the effects of loss in the area and connectivity of habitats, and related reduction in population size on heterostylous plants. We conducted a literature search to obtain an overview of studies investigating the short- and long-term consequences of the decreased area and connectivity of habitats as well as plant population size for heterostylous species. To quantify the relationship between plant population size and morph ratio bias, we applied a meta-analytical approach. First, the meta-analysis showed that reductions in population size can significantly disrupt the optimal morph ratio, leading to fewer compatible mates and lower reproductive output. Second, the literature review highlights the negative consequences of biased morph ratios for population viability and genetic diversity of heterostylous plants. Finally, heterostylous species may adapt to the loss of pollination by shifting their mating system to homostyly and selfing. This review demonstrates that habitat loss and fragmentation have various consequences for heterostylous plants, e.g. reduced population size, morph ratio bias, and disruption of pollination. With ongoing environmental changes, there are still important knowledge gaps that need to be addressed more systematically. These include the long-term impact of skewed morph frequencies on population viability, the selective forces driving variation in anther-stigma separation and intra-morph compatibility, the role of habitat loss and connectivity, and related reduction in pollinator abundance and diversity in the selection for homostyly.

2025. szeptember 4., csütörtök

Cikk a hazai arankafajok gazda- és élőhelyválasztásáról

Sajnos idén nem sok időm maradt a blogomra - most igyekszem megosztani néhány történést, kezdve egy év eleji cikkel.

Az aranka (Cuscuta) fajok obligát paraziták, vagyis a számukra szükséges minden tápanyagot a gazdától szívnak el. Sok korábbi irodalom azt sugallja, hogy (más parazita csoportokhoz hasonlóan) az arankák gazdaspecifikusak. Emellett nem kérdés azonban az sem, hogy más-más élőhelyeken fordulnak elő. De vajon a gazdaválasztás tényleges specificitást jelent, vagy csak annak köszönhető, hogy az eltérő élőhelyeken eltérő fajok közül válogathatnak, így valójában élőhelyspecificitásról van szó? Ennek igyekeztünk a végére járni.

Az eredményeink azt mutatták, hogy az arankák igen különböző fajösszetételű élőhelyeken élnek, és egy-egy arankafaj a maga élőhelyein belül is sok fajt parazitál. Nem találtunk egyértelmű bizonyítékot gazdaspecificitásra, élőhelyspecificitásra annál inkább.


Komlóképű aranka (Cuscuta lupuliformis)

Itt a fűzbokrot választotta gazdául

Baráth, K., Lengyel, A., & Csiky, J. (2025). Host specificity of Cuscuta species: is it a cause or a consequence of the habitat preference? Plant and Soil. https://doi.org/10.1007/s11104-025-07210-2


Aims

The genus Cuscuta comprises nearly 200 parasitic plant species. Sympatric Cuscuta species are considered to occur in different habitat types. We investigated the reasons for the observed habitat preference addressing the following questions: Can host specificity explain the habitat preference? Can soil characteristics influence habitat preference?

Methods

We sampled 543 vegetation plots and collected 56 soil samples from the habitats of C. europaea, C. campestris, C. epithymum, C. lupuliformis, and C. australis in Hungary. The percent cover, maximum height, and parasitism status of each species were recorded in every plot. The species composition and soil parameters of the habitats were compared using multivariate data analysis.

Results

Habitats of the examined parasites significantly differed from each other based on species number and composition, as well as vegetation cover and height. However, species compositions in the habitat of the same Cuscuta species also varied considerably in different localities. We also found that the host range of the same Cuscuta species differed greatly in different locations. None of the dodders had any essential host species without which they could not survive and develop. Additionally, the habitats of the examined Cuscuta species significantly differed from each other based on soil conditions.

Conclusion

Host specificity alone does not explain the strong preference of these host generalist parasites for certain habitats. Rather, the complex system of biotic and abiotic factors, including the mineral composition of the soil, determines the habitats of dodders.

2023. szeptember 13., szerda

Áttekintés a funkcionális különbözőség mérőszámairól - új cikk az Ecography-ban

Az ökológia és a biogeográfia egyik központi kérdése, hogy a közösségek vagy területek fajösszetétele milyen változatosságot mutat. A probléma vizsgálatához az egyik legalapvetőbb statisztikai eszközt a különbözőségi (disszimilaritási) indexek jelentik. Ezek olyan egyszerű matematikai formulák, amikkel számszerűsíteni lehet, hogy az egyik közösség mennyire különbözik a másiktól. A közösségeket főleg a fajösszetételük alapján hasonlították össze korábban, az utóbbi évtizedekben azonban megnőtt az érdeklődés egyéb szempontok figyelembe vétele felé. Ilyen például a közösségek funkcionális összetétel alapján történő összevetése. A szakirodalomban kb. 40-50 mérőszámot javasoltak az utóbbi években erre a célra. Ezek az indexek azonban mind-mind különböző feltételezésekkel éltek az adatokra nézve, és különböző elméleteket követtek a funkcionális sokféleség számszerűsítése és a különbözőség értelmezése céljából. A funkcionális különbözőség iránt érdeklődő felhasználó így meglehetősen elveszve, útmutatás nélkül érezhette magát, amikor a saját kutatásához próbált megfelelő módszert választani.

Ezen a helyzeten igyekeztünk javítani a kutatócsoport-vezetőmmel. A most megjelent 'review' cikkünkben feldolgoztuk az irodalomban eddig javasolt módszereket, és egy közös elméleti rendszerbe foglalva őket kiemeltük azokat a módszertani döntéseket vagy adottságokat, amelyeket figyelembe kell venni a módszerválasztáskor. Két döntést tartunk alapvetőnek: a különbözőség értelmezésének mikéntjét, valamint azt, hogy a közösségek funkcionális összetételét milyen módon írjuk le. A különbözőségnek két típusát tárgyaljuk: a távolságokat (distance) és az ellentétet (kicsit gyenge a magyar megfelelő, angolul találóbb: disagreement). A kettő között a lényegi különbség, hogy a távolságok felső korlátját az eredeti változók skálája szabja meg, tehát akár a végtelen is lehet, míg az ellentétek standardizáltak, 0 és 1 között változnak. Előbbiek hosszú, utóbbiak rövidebb grádiensek esetén működnek jól. A funkcionális összetétel leírásának három módja van. Az első (typical values), amikor a közösséget egyetlen pont reprezentálja, pl. amikor egyetlen gyepet a teljes biomasszája ír le. A második (discrete sets), amikor minden taxonhoz tartozik egy jellemző, egy trait, amit a taxon tömegességének figyelembe vételével együtt használunk fel egy közösségi szintű trait-eloszlás kiszámolásához. A harmadik (hypervolumes), amikor a traitek mint dimenziók által meghatározott térben egy többdimenziós alakzattal vagy eloszlással írjuk le a közösséget. A cikkben áttekintjük a tárgyalt módszerek kiszámolásához szükséges R-csomagokat is.


A funkcionális különbözési indexekről javasolt elméleti rendszerünk sematikus ábrája

Amit nem tudunk egyelőre megmondani, az az, hogy melyik index mennyire működik "jól", mennyire pontosan adja vissza a két közösség közti tényleges eltérést. Valójában a munkát ez utóbbi kérdés vizsgálatával kezdtük, azonban a bírálatok során világossá vált, hogy az elméleti megalapozás előbbre való, a körültekintő tesztelés pedig a vártnál összetettebb probléma. De ami késik, nem múlik. :)

Az összefoglaló és elérhetőség alább látható:


Lengyel, A. & Botta-Dukát, Z. (2023), A guide to between-community functional dissimilarity measures. Ecography e06718. https://doi.org/10.1111/ecog.06718

Abstract

One of the effective tools to study the variation between communities is the use of pairwise dissimilarity indices. Besides species as variables, the involvement of trait information provides valuable insight into the functioning of ecosystems. In recent years, a variety of indices have been proposed to quantify functional dissimilarity between communities. These indices follow different approaches to account for between-species similarities in calculating community dissimilarity, yet they all have been proposed as straightforward tools. In this paper, we review the trait-based dissimilarity indices available in the literature and identify the most important conceptual and technical properties that differentiate among them, and that must be considered before their application. We identify two primary aspects that need to be considered before choosing a functional dissimilarity index. The first one is the way communities are represented in the trait space. The three main types of representations are the typical values, the discrete sets using the combination of species × sites and species × traits matrices, and the hypervolumes. The second decision is the concept of dissimilarity to follow, including two options: distances and disagreements. We use the above scheme to discuss the available functional dissimilarity indices and evaluate their relations to each other, their capabilities, and accessibility.

2022. november 28., hétfő

Taxonómiai, funkcionális és filogenetikai diverzitás az erdőssztyepp élőhelymozaikban - új cikk a Journal of Ecology-ban

Az erdőssztyepp egy olyan vegetációs zóna, amely a fásszárúak számára alkalmasabb élőhelyeket kínál, mint az eurázsiai füves puszták, de zárt erdő kialakulását még nem teszi lehetővé. Az eredmény egy hol gyepek, hol inkább erdők uralta, ligetes szerkezetű, változatos táj, amelynek fennmaradását a klíma, a talaj és az alapkőzet adottságai, a tüzek és a nagy növényevők együtt alakítják. A mozaikos szerkezet velejárója, hogy a különböző típusú foltok közötti szegélyek is markánsan hozzájárulnak a növényzet sokféleségéhez, szinte önálló típust alkotva. Az erdőssztyepp szegélyek jellemzően magaskórós növények, cserjék, szélen álló fák magoncai, sarjai. A mozaik élőhelytípusai sorba állíthatók zártságuk szerint, a nyílt gyepektől a szegélyeken át a zártabb erdőfoltokig.


Erdőssztyepp mozaik Kunpeszéren

Erdős László kollégám már régóta kutatja az erdőssztyepp vegetációtípusok térbeli átmeneteit. A doktoranduszával, Khanh Vũ Hồ-val együtt tavaly év végén hívott meg egy készülő cikkükbe, amelyben a Kiskunság erdőssztyepp-maradványain vizsgálta a különböző élőhelytípusok közti különbségeket a taxonómiai, a funkcionális és a filogenetikai diverzitás szempontjából. A kérdés érdekességét a vizsgált vegetációtípusok eltérő zártsága adja. Azt már korábban kimutatták, hogy a fajgazdagság a szegélyszerű élőhelyeken a legmagasabb, mert a szegélyekben az erdei és a gyepi fajok is előfordulnak. A funkcionális és a filogenetikai diverzitás mintázatát azonban eddig nem vizsgálták e grádiens mentén. Ebben a cikkben megerősítettük, hogy a taxonómiai diverzitás a szegélyekben a legnagyobb, kimutattuk, hogy a funkcionális diverzitás az erdőkben a legmagasabb, míg a filogenetikai diverzitásnál nem kaptunk egyértelmű csúcsot, illetve ahol kaptunk, ott valószínűleg ez csak néhány, filogenetikailag elkülönülő fajnak (nyitvatermőknek) volt köszönhető. Az eredményeinket a rangos Journal of Ecology folyóiratban publikáltuk.


Erdős, L., Ho, K. V., Bátori, Z., Kröel-Dulay, G., Ónodi, G., Tölgyesi, C., Török, P., & Lengyel, A. (2022). Taxonomic, functional and phylogenetic diversity peaks do not coincide along a compositional gradient in forest-grassland mosaics. Journal of Ecology, https://doi.org/10.1111/1365-2745.14025

Abstract

Ecosystems with forest and grassland patches as alternative stable states usually contain various closed, semi-open and open habitats, which may be aligned along a vegetation cover gradient. Taxonomic diversity usually peaks near the middle of the gradient, but our knowledge on functional and phylogenetic diversity trends along gradients is more limited.

We investigated the eight main habitats of Hungarian forest-grassland mosaics, representing various vegetation cover values, and compared their species composition as well as their taxonomic, functional and phylogenetic diversity.

We found a compositional gradient ranging from large forest patches through smaller-sized forest patches and edges to closed and open grasslands. Species richness peaked at the middle of the gradient (at edges). Shannon diversity was high near the middle and at the open end of the gradient. Functional diversity was high throughout woody habitats (in forests and at edges) and was significantly lower in grasslands. When considering all species, phylogenetic diversity tended to peak at north-facing forest edges. When excluding non-angiosperms, this peak disappeared.

The high taxonomic diversity at the middle of the gradient is in line with the edge-effect theory. Our results suggest that community assembly in grasslands may be dominated by environmental filtering, while competition may be decisive in woody habitats. The low phylogenetic diversity of grassland habitats can be explained by their young evolutionary age compared to forests.

Synthesis. Functional and phylogenetic diversity do not necessarily coincide with taxonomic diversity along vegetation cover gradients. In ecosystems where forest and grassland patches represent alternative stable states, the trends of taxonomic diversity may be similar to those revealed here, but functional diversity patterns may be more system-specific for some traits. Trends in phylogenetic diversity may vary according to the evolutionary age of the habitats.

2022. november 2., szerda

Füleskuvikok a Gödöllői-dombságban - az első madaras cikkszerzőségem

Akik személyesen ismernek, azok számára valószínűleg nem árulok el azzal titkot, hogy a szenvedélyem a madarászás. Életem egy bizonyos szakaszában úgy éreztem, hogy ennek gyakorlásához madárgyűrűző-vizsgát is jó lenne tennem, emellett bekapcsolódtam az MME gödöllői helyi csoportja, főleg Kerényi Zoltán és Lehel György által művelt füleskuvik-védelembe és kutatásba. A főleg az ő munkájuk révén összeállt adatokból jelent meg egy cikkünk az MME Ragadozómadár-védelmi Szakosztály és MME Ragadozómadár-védelmi Tanács közös évkönyvében, a Heliacában.
A cikkben szó esik a füleskuvikok elterjedéséről, állománynagyságáról, élőhelyválasztásáról, az odúfoglalási tapasztalatokról, a területhűségről, valamint az ivarok biometriai határozási nehézségeiről. (Valójában ennél is többféle elemzést terveztünk, de sajnos nem teljesültek fontos statisztikai alapfeltételek.) A munka leginkább a szerzőtársaimat dicséri, de örülök, hogy én is hozzájárulhattam itt-ott. Ez az első tudományos cikkszerzőségem madaras témában, emiatt az iromány különleges számomra.

Füleskuvik gyűrűzéskor


A füleskuvik (Otus scops) egy Dél- és Kelet-Európától Közép-Ázsiáig elterjedt bagolyfaj, amely Magyarországon fokozott védelem alatt áll. Az európai és világállománya valószínűleg csökken, míg a hazai állomány stabil, és többek megfigyelései szerint az utóbbi évtizedben jelentősen nőtt. A Gödöllői-dombságban helyenként gyakori madár, a tavaszi és koranyári éjszakákon hallható füttyei jellegzetes táji elemnek is mondhatók. Az egyetlen igazi vonuló bagolyfaj Magyarországon, a telet Nyugat- és Közép-Afrikában, kisebb számban a Földközi-tenger medencéjében tölti. Első egyedei április legelején érkeznek, az utolsók szeptemberben indulnak útnak. Elsősorban a facsoportok és nyílt, gyepes területek mozaikját kedveli, és nem idegenkedik az épített környezettől sem. Mesterséges odúval jól telepíthető. Nagyobb rovarokkal és kisebb emlősökkel táplálkozik.

A cikk hivatkozása alább látható, a Heliaca pedig teljes egészében olvasható itt.

Kerényi Z., Lehel Gy., Lengyel A. (2022): Füleskuvik-védelem és kutatás a Gödöllői-dombságban. Heliaca 18: 43-52.

2022. október 19., szerda

Új ökológiai mutatók az európai növények zavarástűréséről

Idén belecsöppentem egy nemzetközi együttműködésbe, amelynek célja az volt, hogy az európai növényfajok jelentős részére kidolgozzon egy sokoldalú "pontrendszert", amely a fajok zavarástűrésével, zavarásigényével kapcsolatos. Hasonló rendszerek léteztek már korábban is több európai országra vonatkozóan, pl. Magyarországon a Borhidi-féle szociális magatartási típusok, de a határokon átívelő kiterjesztésük mindeddig csak álom maradt. A szerzői gárdánk ezt úgy valósította meg, hogy az Európai Vegetációs Archívumból (EVA) lekért több mint 1,2 millió cönológiai felvételt hozzárendeltük az EUNIS élőhelyekhez egy automatizált osztályozó algoritmussal, majd megvizsgáltuk, hogy a fajok mely élőhelyeket részesítik előnyben. Az élőhelyeket pontoztuk a rájuk jellemző zavarási rezsim több tulajdonsága szempontjából. Külön foglalkoztunk a zavarás súlyosságával, gyakoriságával, a kaszálás gyakoriságával, a legelési nyomással, valamint a talajbolygatással. Ezután a fajokra jellemző élőhelyekre adott zavarási pontszámok alapján becsültük a fajok jellemző válaszát az egyes zavarási típusokra.

A lápi hízóka (Pinguicula vulgaris) a zavarásra legérzékenyebb fajok egyike

A vöröslő disznóparéj (Amaranthus deflexus) kifejezetten zavarásigényes növény

Az eredményben természetesen nagy meglepetés nem született, és nem is ez volt a cél. A bolygatás súlyosságára legérzékenyebb fajok az oligotróf gyepek, lápok és fenyérek növényei lettek, míg az azt legjobban tűrők (valójában azt igénylők) a ruderális és szántóföldi gyomok. Biztosan maradtak benne olyan "hibák" is, amelyek a fajok lokális, összességében ritkán megfigyelhető viselkedését nem fejezik ki kellőképpen. Ennek az oka alighanem a lokális adathiány - hiába az 1,2 millió felvétel, ha vannak még alulreprezentált területek, pl. Magyarország... Magánál az indikátorrendszernél fontosabbnak tartom, hogy amennyire csak lehet, reprodukálható módon, adatok és szakértői konszenzus alapján, statisztikai módszerekkel állítottunk elő egy többszempontú indikátorrendszert eddig tudtommal példátlan földrajzi kiterjedésre. Gratulálok a cikk "húzóembereinek", és örülök, hogy valamit hozzátehettem.

A puding kész, kezdhetjük kóstolgatni!


Az adatbázis a Zenodo adatrepozitóriumból érhető el: https://zenodo.org/record/7116957


A cikk pedig alább:

Midolo, G., Herben, T., Axmanová, I., Marcenò, C., Pätsch, R., Bruelheide, H., Karger, D. N., Aćić, S., Bergamini, A., Bergmeier, E., Biurrun, I., Bonari, G., Čarni, A., Chiarucci, A., De Sanctis, M., Demina, O., Dengler, J., Dziuba, T., Fanelli, G. … Chytrý, M. (2022). Disturbance indicator values for European plants. Global Ecology and Biogeography, https://doi.org/10.1111/geb.13603


Abstract

Motivation

Indicator values are numerical values used to characterize the ecological niches of species and to estimate their occurrence along gradients. Indicator values on climatic and edaphic niches of plant species have received considerable attention in ecological research, whereas data on the optimal positioning of species along disturbance gradients are less developed. Here, we present a new data set of disturbance indicator values identifying optima along gradients of natural and anthropogenic disturbance for 6382 vascular plant species based on the analysis of 736,366 European vegetation plots and using expert-based characterization of disturbance regimes in 236 habitat types. The indicator values presented here are crucial for integrating disturbance niche optima into large-scale vegetation analyses and macroecological studies.

Main types of variables contained

We set up five main continuous indicator values for European vascular plants: disturbance severity, disturbance frequency, mowing frequency, grazing pressure and soil disturbance. The first two indicators are provided separately for the whole community and for the herb layer. We calculated the values as the average of expert-based estimates of disturbance values in all habitat types where a species occurs, weighted by the number of plots in which the species occurs within a given habitat type.

Spatial location and grain

Europe. Vegetation plots ranging in size from 1 to 1000 m2.

Time period and grain

Vegetation plots mostly sampled between 1956 and 2013 (= 5th and 95th quantiles of the sampling year, respectively).

Major taxa and level of measurement

Species-level indicator values for vascular plants.

Software format

csv file.


2022. január 12., szerda

Az invazív csicsóka ökológiai kapcsolatai Európában és Észak-Amerikában - új cikk a Presliában

A napraforgót is magában foglaló Helianthus nemzetség a fészkesvirgázatúak családjának Észak-Amerikában honos ága. Ebben a génuszban találjuk a táplálék- és dísznövényként régóta ismert csicsókát (Helianthus tuberosus) is. Ez a faj már a XVII. század óta jelen van az európai kertekben, a XIX. század vége óta azonban megszaporodtak a szubspontán előfordulásai is, a XX. század közepe óta pedig már meghonosodott állományok is kialakultak Magyarországon. Mára a domb- és hegyvidéki nedves talajú élőhelyek egyik legjelentősebb özönnövényévé vált. Az invazív vadcsicsóka morfológiailag kissé eltér a termesztett alaktól, emellett a H. tuberosus alakkör egyéb tagjai is elindultak a meghonosodás útján.

Filep Rita elsőszerzőségével megjelent egy cikkünk a Preslia folyóiratban, amelyben a vadcsicsóka ökológiai kapcsolatait vizsgálatuk az őshazájában és a hazai állományokban. Összehasonlítottuk az amerikai és európai állományokban a csicsóka borítását, hajtássűrűségét, magasságát, a növényzet állományszintű jellemzőit, valamint a társuló növények diverzitását. Egy elmélet szerint egy faj invazívvá válását nagyban segítheti, ahogyan a növény a talajlakó gombákkal kapcsolatban áll. A növények és gombák között, a növény gyökerén megvalósuló kapcsolatot mikorrhizának hívjuk. A gombapartner segítséget nyújt a növénynek a tápanyagfelvételben, cserébe a növény szervesanyagot transzportál neki. Sok növényfaj szoros együttműködésben, ráutaltságban él a gombákkal, és ez segítheti egyes fajok terjedési sikerét, akár özönfajjá válását. Az invazív fajok azonban evolúciósan nem adaptálódtak még a frissen meghódított terület gombáihoz, így ritkán tudják kihasználni a gombák nyújtotta előnyöket. Képesek lehetnek azonban az általuk elfoglalt területen megzavarni az őshonos növények és gombák kapcsolatát, ezzel gyengítve az őshonos növények esélyeit a versengésben. A kutatásunkban azt is vizsgáltuk, hogy van-e különbség a vadcsicsóka által kialakított gombakapcsolatok mennyiségében Amerikában és Európában.

Az eredményeink azt mutatták, hogy a csicsóka negatívabban hatott a társuló fajok számára, sűrűbb állományokat alakított ki és magasabbra nőtt Európában, mint az őshazájában. A mikorrhizáltságban nem találtunk különbséget a két kontinens között.


Kisebb csicsókaállomány egy belterületi patak mentén

Filep R., Lengyel A., Cook B. J., Farkas Á., Nagy K., Nagy D. U., Imri Á., Czakó-Vér K. & Pal R. W. (2021) Helianthus tuberosus at home and away: stronger ecological impacts in invaded than in native range are not explained by arbuscular mycorrhizal colonization. – Preslia 93: 363–376.


Abstract

The impact of invasive plants on vegetation can vary greatly depending on the characteristics of the invaders and community invasibility. As to the factors that influence a plant’s ability to invade, recent studies suggest that arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) may be important regulators in plant invasions. To better understand the interactions of Helianthus tuberosus with co-occurring species in its native North American and invaded European ranges, we carried out plot-based field surveys to determine whether the cover of H. tuberosus, its stem number and height, bare ground cover and amount of litter differ between ranges and how they interact with numbers of species in the plant community. To provide information about AMF colonization of H. tuberosus, we evaluated AMF colonization in both ranges and tested the difference between continents, the effect of cover of H. tuberosus and their interaction with AMF. In the invaded range in Europe, H. tuberosus plants grew taller, had a greater stem density and there were fewer species in the invaded plant communities than in its native range in North America. In contrast, the cover of H. tuberosus and litter cover did not differ between the two continents. Plants of H. tuberosus were colonized by AMF in both ranges, but we found no statistical support for the potential effects of continent, the cover of H. tuberosus and their interaction with AMF. Overall, our study revealed that H. tuberosus exerts a negative impact on co-occurring species in the invaded European range, but not in North America where the species is native. To our knowledge, this is the first evaluation of AMF colonization of H. tuberosus at home and away and the results do not support either the degraded or enhanced mutualism hypotheses.

2021. november 23., kedd

A tudománymetriáról 2. Kevésszerzős vs. sokszerzős cikkek

Az előző bejegyzésben röviden áttekintettem a tudományminősítés alapvető tudnivalóit. Írtam, hogy a tudományminősítés alapja annak valamiféle "pontozása", hogy kinek a neve alatt mennyi és milyen tudományos publikációk jelennek meg. Említettem azt is, hogy terjedőben van az a szemlélet, miszerint az olyan cikkek többet érnek a tudománymetria tükrében, amelyet kevés szerző jegyez, mint a sokszerzős cikkek.

Jellemzően egy cikk szerzői közé az kerül be, aki jelentős mértékben, tudományos módon hozzájárult a munka sikeréhez. Hogy hol van a "jelentős mérték" és a "tudományos mód" határa, azt igen nehéz definiálni. Az én tudományterületemen általában az ér társszerzői státuszt, ha valaki részt vesz egy kutatás elméleti tervezésében, a mintavételi és az adatelemzési döntések meghozatalában, vagy jelentős mértékű adatot szolgáltat, majd a cikkírásban legalább átnézi a kéziratot. A világban szétnézve azonban egészen változatos módokon realizálódik a szerzői kör megszabása. Nem kell sokat kutakodnunk a színfalak mögött, hogy kiderüljön, előfordul, amikor "karitatív alapon", vagy éppen stratégiai okokból olyanok is bekerülnek egy cikkbe, akik nem sokat dolgoztak benne. Ez nyilvánvalóan etikátlan, de mivel a szerzői hozzájárulások önbevalláson alapulnak, nem igazán lehet ellene tenni. Egy átlagos cikk kb. 5-15 személy nevével jelenik meg, de léteznek több száz, vagy ezer szerzős cikkek is. Talán az ok nélkül hatalmasra duzzadó szerzői listák kiküszöbölése motiválhatta a szerzőszám figyelembevételét a tudományértékelésben, hiszen az valóban nem fair, ha lényegi hozzájárulás nélkül is hasznot húz valaki a publikációból. Az értékelés pontos mikéntjén azonban nagyon sok múlik. Nem mindegy, hogy ez az adott cikk összes szerzőjére vonatkozik, vagy csak a köztes szerzőkre (tehát a szerzői lista első és utolsó tagjára nem - az ő hozzájárulásuk általában a legnagyobb), és hogy pontosan milyen függvény szerint csökkenti az egyedi hozzájárulások "pontszámát" a szerzőszám (pl. 10 szerző felett csak fele annyi pontot ér, vagy a szerzőszámmal egyenes arányban ér egyre kevesebbet, stb). Emiatt egész konkrét gyakorlatokról nem tudok írni, ezek még nem is igazán kristályosodtak ki, csak az alapelvről.


Forrás: PHD Comics https://phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=562


Az valóban nem cáfolható, hogy ha valaki egyedül, vagy 1-2 társsal végez el egy munkát, az nagyobb erőfeszítés, mintha ugyanazt több társsal kivitelezte volna, hiszen feltételezhetjük, hogy a munka jobban megoszlott utóbbiak között. Kérdés, hogy valóban ugyanaz a munka születik-e meg 1-2, vagy 4-5, netán 10-15, vagy 100-150 szerző munkájával.

Általában ugyanis nem ugyanarról írunk cikket egyedül, mint csapatban. Az elméleti jellegű cikkeket, pl. az adatelemzési módszertani cikkeket, általában a statisztikai cikkeket, véleménycikkeket, fórumcikkeket, rendszerint viszonylag kevés szerző írja. Ezzel szemben a nagy adatgyűjtési munkán alapuló cikkeknek, pl. terepi kísérletek, nagy földrajzi léptékű szintézisek, hosszútávú monitoringok, több taxonra kiterjedő vizsgálatok cikkeinek jellemzően sok szerzőjük van. Miért? Mert egy gondolati rendszer jól megfér egyetlen személy fejében, esetleg nem jelent nagy kavarodást, ha még 1-2 kolléga hozzászól. De ennél több hozzájáruló akár zavaró és kontraproduktív is lehet. Ha nem elsődleges adatok elemzése, hanem elméletibb tartalmú a cikk, amiben sokat számítanak a szubjektív nézetek, akkor nehéz lehet a sok eltérő vélemény közös nevezőre hozása. Egy statisztikai módszer ötlete is általában egy-két emberhez köthető, a hozzá szükséges tesztekhez sem kell sokkal több. Ezzel szemben, ha egy vizsgálat kiterjed 10 országra, az gyakran kapásból 10 társszerző, hiszen kell valaki, aki szakértő és felelősséget vállal az adott ország vonatkozásaiban, pl. meg tudja ítélni az adatok minőségét és van lokális háttértudása az eredmények értelmezéséhez, a hibák kiszúrásához; neadjisten ő maga adja az adatokat. Egy komplexebb terepi kutatáshoz kell ember a terepi adatgyűjtéshez, kellhetnek specialista szakértők egyes taxoncsoportokhoz vagy lokalitásokhoz, kellhet egy-két szakirodalomban jártas személy és adatelemző, ott van a laborvezető, illetve valaki, aki az egészet összefogja. Ha a vizsgálat sokáig tart, akkor a személyek cserélődhetnek ilyen-olyan okokból, pl. lejár a pályázatuk, gyermekük születik, nyugdíjba mennek, ez mind-mind behoz 1-1 helyettesítő embert. Rosszabbá válna a kutatás attól, hogy ennyi ember dolgozik rajta? Nem gondolom. Az elsőszerző munkája értéktelenebb lenne ettől? Nos, vehetjük úgy, hogy a kulcsember még többet tehetne le az asztalra, ha pl. több taxoncsoportot is kitanulna gyorsan, vagy két-három személyre valót dolgozna terepen - de ez gyakorlatilag irreális elvárás. Ha az adatok több forrásból érkeznek, akkor etikailag is megkérdőjelezhető a fontosabb adatszolgáltatók kihagyása. Fel kellene ismerni, hogy vannak bizonyos kutatási típusok, amiket sokan, csapatban lehet jól megcsinálni. Ettől ezek a kutatások, az így születő cikkek nem érnek kevesebbet azoknál, amelyeket kevesen írtak, mert gyakran tematikájukban is mások. Ahogyan egy foci-vb győzelem sem ér kevesebbet egy kézilabda-vb győzelemnél csupán azért, mert a focicsapat több emberből áll. Gépies összehasonlításuk félrevezető. Sajnos láttam már bizonyos fórumon kevésszerzőssége okán (is) piedesztálra emelt cikket, aminek jót tett volna még néhány résztvevő (a "vicc" az volt, hogy maga a szerző sem tagadta a hiányosságokat).

Hallottam olyan érvet, hogy a népes társszerzői csapat koordinálása logisztikai, és nem tudományos feladat, ezért egy másfajta díjazással lehetne "kárpótolni" a sokszerzősség miatt hátrányba került, vezető pozíciójú szerzőket. Ez az érv – egyrészt – nem teljesen állja meg a helyét, hiszen a részvizsgálatok összehangolása, részeredmények és „résztudások” szintetizálása nagyon is tudományos munka. Itt nem csak arról van szó, hogy több számlát kell leigazolni és több Word dokumentumot kell összefésülni... Az eredménye is tudomány, hiszen ott a megjelent cikk. Másrészt, sajnos nem tisztázott az alternatív jutalmazás mikéntje, addig pedig ez nem lehet hivatkozási alap. Harmadrészt, szimpatikusabbnak tartom azt a kiindulási feltételezést, hogy egy cikket annyian írnak meg a megfelelő színvonulú eredmény érdekében, ahány személyre szükség van, mint azt, hogy "gyanús ott az a csoportosulás", biztos vannak potyautasok köztük... Nem tagadva, hogy potyautasok léteznek, csak a gyakoriságuk ismeretlen.

Összefoglalva tehát az a gondom a teljes szerzőszám figyelembevételével, hogy bizonyos tudományterületeken és problématípusokon dolgozó kutatókat hátrányosan különböztet meg. Tudom, hogy már 3-4 szerző esetén sem egyenlő mindenki hozzájárulása. 100-200 szerzős cikkeknél is legfeljebb 3-4 személy húzza az igát, és mellettük 10-20 „második körös” szerzővel lehet számolni. A többiek valamilyen részfeladat, jellemzően adatszolgáltatás miatt szerepelnek. A hozzájárulók nagy része nélkül gyakorlatilag ugyanúgy megjelenhetne a cikk. Azonban ilyenkor legalább a vezető szerzőket nem kellene azzal büntetni, hogy hány egyéb szerző van még a cikkükben, mert azok a személyek gyakran etikai okokból is szerepelnek, amúgy a munkát effektíve nem könnyítik meg lényegesen. Igazságosabb megoldás felé vihet a CRediT (Contributor Roles Taxonomy), amely egy egységes, általános hozzájárulási nómenklatúrát kínál. Gyakorlatilag egy listából ki lehet választani, hogy melyik szerző milyen módon járult hozzá a cikkhez. Néhány folyóirat már megköveteli ennek az alkalmazását – ám a tudománymetriai minősítő rendszerek még aligha vettek róla tudomást. A szándékos csalást, persze, ez sem előzi meg.


FRISSÍTÉS:

A bejegyzés közzétételének másnapján jelent meg egy számos kollégám által jegyzett cikk (melyhez ezúton is gratulálok!), amely azt boncolgatja, hogy a 2050-re Magyarországra vonatkozó környezeti előrejelzések milyen természetvédelmi kutatások fontosságát vetítik előre. A cikk egy fő üzenete, hogy határokon és tudományterületeken átívelő együttműködésekre lesz szükség a tudáshiányok "betöméséhez". Az ilyen együttműködések kimenetei tipikusan sokszerzősek. Életszerűtlen, ha pont ezeket értékelik majd alul tudománymetriai szempontból.

A cikk itt érhető el egyébként: Csákvári et al. (2021): Conservation biology research priorities for 2050: A Central-Eastern European perspective. Biological Conservation 264, https://doi.org/10.1016/j.biocon.2021.109396


2021. február 19., péntek

Megjelent a REMOS osztályozási módszerről szóló cikkünk a JVS-ben

2019 novemberében írtam arról, hogy kitaláltunk egy új osztályozási módszert, amelynek a REMOS (REallocation of Misclassified Objects based on Silhouette width) nevet adtuk. A módszerről most csak annyit írnék, hogy ezzel meglévő (akár véletlenszerű) osztályozásokon lehet javítani azáltal, hogy a "félreosztályozott" elemeket lépésenként átpakolgatjuk egy megfelelőbbnek tűnő csoportba. A jóság kritériuma pedig az adott objektum sziluett indexe. A módszert először preprintként közöltük le, hogy azonnal használhassuk és hivatkozhassuk a lengyel gyepek jellegalapú osztályozásához. Közben benyújtottuk a Journal of Vegetation Science-be is közlésre, s némi átalakítás után most végre el is fogadták. A cikkben a REMOS két verzióját egy hasonló elven működő, OPTSIL nevű módszerrel vetjük össze. A bírálati idő kicsit hosszúra nyúlt, mert nehezen talált a szerkesztő bírálót a viszonylag szűk és elméleti témájú cikkhez (azt írta, 11 visszautasított felkérés után vállalta el valaki), de cserébe mi gyorsan javítottunk mindent, így összességében az átlagosnak mondható, egy év körüli átfutás jött ki. A cikk nyílt hozzáférésű, és a 123997 azonosítójú OTKA PD projektem első cikke.


A REMOS mindkét verziója sokkal gyorsabb az OPTSIL-nél


Lengyel, A, Roberts, DW, Botta‐Dukát, Z. 2021. Comparison of silhouette‐based reallocation methods for vegetation classification. Journal of Vegetation Science; 32:e12984. https://doi.org/10.1111/jvs.12984

Abstract

Aims: Vegetation classification seeks to partition the variability of vegetation into relatively homogeneous but distinct types. There are many ways to evaluate, and potentially improve, such a partitioning. One effective approach involves calculating silhouette widths which measure the goodness‐of‐fit of plots to their cluster. We introduce a new iterative reallocation clustering method — Reallocation of Misclassified Objects based on Silhouette width (REMOS) — and compare its performance with an existing algorithm — OPTimizing SILhouette widths (OPTSIL). REMOS reallocates misclassified objects to their nearest‐neighbour cluster iteratively. Of its two variants, REMOS1 reallocates only the object with the lowest silhouette width, while REMOS2 reallocates all objects with negative silhouette width in each iteration. We test how REMOS1, REMOS2 and OPTSIL perform in terms of: (a) cluster homogeneity and separation; (b) the number of diagnostic species; and (c) runtime.

Methods: We classified simulated data with the flexible‐beta algorithm for values of beta from −1 to 0. These classifications were subsequently optimized by REMOS1, REMOS2 and OPTSIL and compared for mean silhouette widths, misclassification rate, and runtime. We classified three vegetation data sets from two to ten clusters, optimized all outcomes with the three reallocation methods, and compared their mean silhouette widths, misclassification rate, and number of diagnostic species.

Results: OPTSIL achieved the highest mean silhouette width across the majority of the data sets. REMOS achieved zero or negligible misclassifications, outperforming OPTSIL on this criterion. REMOS algorithms were typically more than an order of magnitude faster to calculate than OPTSIL. There was no clear difference between REMOS and OPTSIL in the number of diagnostic species.

Conclusions: REMOS algorithms may be preferable to OPTSIL when: (a) the primary objective is to reduce the number of negative silhouette widths in a classification, as opposed to maximizing mean silhouette width; or (b) when the time efficiency of the algorithm is important.

2020. december 26., szombat

A cserjésedés és a tűz hatása a borókás erdőssztyepp fajgazdagságára és fajösszetételére - új cikk az Applied Vegetation Science-ben

A kiskunsági meszes homoktalajon kialakuló növényzeti típusok egyik legjellegzetesebbike a boróka (Juniperus communis), szürke nyár (Populus canescens), valamint a mészkedvelő nyílt homoki gyep mozaikja alkotta erdőssztyepp. A legérintetlenebbnek, legtermészetesebbnek tekintett részek Bugac, Fülöpháza, Bócsa és Csévharaszt környékén vannak, ezeket "ősborokásoknak" is szoktál nevezni. A klímaváltozás egyik globálisan tapasztalható kísérőjelensége az erdőtüzek gyakoribbá válása (gondoljunk csak a kaliforniai, spanyolroszági és ausztráliai tüzekre). Erre a legfogékonyabb hazai erdőtípusnak a nyáras-borókás tűnik, ami valószínűleg egyaránt köszönhető az élőhely szárazságának, a jellemző avarosodásnak, a boróka jó éghetőségének, valamint az oltási nehézségeknek (nehezen járható, mély homok, nehezen átlátható, változatos fiziognómiájú növényzet). A kollégáim a 2007-es kéleshalmi erdőtűz után jelöltek ki leégett és nem leégett foltokon mintavételi kvadrátokat gyepfoltokon, borókák alatt, valamint borókák különböző oldalain, majd 2018-ig minden évben dokumentálták a fajok tömegességeit. A munkába én az adatelemzések kapcsán csöppentem. Noha a boróka mérsékelt borításnövekedése növelte a kvadrátok fajszámát, a sűrű boróka alatt az aljnövényzet gyakorlatilag nudummá válik, így a jelentős borításnövekedés csökkenti a diverzitást. A boróka leégése után a fajszám megnő, a fajösszetétel pedig a gyephez kezd hasonlítani. A gyep esetén a tűz csak átmeneti változást okozott a fajszámban és fajösszetételben. Összességében a sűrű borókás két okból is kedvezőtlen: kiüresíti az aljnövényzetet, valamint segíti a tűz terjedését. Erről jelent meg egy cikkünk az Applied Vegetation Science-ben.



Ónodi, G, Kertész, M, Lengyel, A, Pándi, I, Somay, L, Szitár, K, Kroel-Dulay Gy. The effects of woody plant encroachment and wildfire on plant species richness and composition: Temporal changes in a forest–steppe mosaic. Appl Veg Sci., early view, https://doi.org/10.1111/avsc.12546


Abstract

Questions
Woody plant encroachment and wildfire may both have major effects on species richness and composition, yet studies that assess these two factors in combination are rare. We asked the following specific questions: (1) how did juniper cover change over a decade in the study area; what are the effects of juniper encroachment and subsequent wildfire on(2) plant species richness; and (3) vegetation composition?

Location
Sand forest–steppe in Kiskunság, Central Hungary.

Methods
We studied a juniper‐encroached grassland hit by a wildfire. We assessed changes in plant species richness and composition in burnt and unburnt grassland and juniper plots for 11 years following the wildfire. Yearly vegetation sampling was performed in permanent quadrats of 1 m2 and 25 m2 using visual cover estimation. Temporal changes in juniper cover and species richness were evaluated with generalized linear mixed‐effects models. Compositional changes were analysed by non‐metric multidimensional scaling and fidelity analysis.

Results
At the beginning of the study, the presence of individual juniper shrubs increased species richness, and did not alter species composition. However, microsites covered by junipers were extremely species‐poor. Juniper growth during the study period caused a sharp decline in species richness at the edge of juniper shrubs and a shift in species composition compared to grassland plots. Wildfire increased species richness both in grassland and juniper plots. It caused only transient compositional responses in grasslands, but converted juniper habitats back to the grassland state.

Conclusions
We conclude that neither moderate juniper encroachment nor wildfire have negative effects on plant species richness in the studied ecosystem. However, as juniper thickening may cause species loss and devastating fires, conservation management should prevent the development of dense juniper stands.

2020. november 4., szerda

Új cikk Pécs flórájának változásáról

Egyetemi éveimre visszanyúló közös munkánk gyümölcseként megjelent a Pécs flórájának változását bemutató cikkünk. Csiky János mint vezető kutató és Wirth Tamás mint a témán dolgozó doktorjelölt neveihez köthetően egy hazánkban példátlan, és nemzetközi viszonylatban is figyelemre méltó, meglehetősen finom térléptékű flóratérképezést zajlott/zajlik Pécsett, amely egy 40-es évekből származó, Horvát Adolf Olivér által jegyzett, a kor standardjaihoz mérten szintén eléggé részletes cenzussal együtt értékes összehasonlításokra adott lehetőséget. A munkához én elsősorban adatelemzések, módszertani tanácsadás és a szövegírás révén kapcsolódom. A cikkben megerősítettük azt az általános megfigyelést, hogy a várost érintő urbanizációs folyamatok, amelyek a beépített területek növekedésével, szocioökonómiai és technológiai változásokkal, intenzifikációval jártak, elsősorban az újjövevény (neofiton) fajok összetételét változtatták meg. A két vizsgálat között eltelt 70 év alatt nőtt a fásszárú és a rövid életű (egyéves, kétéves), valamint az állatok által terjesztett neofitonok száma, míg az évelő lágyszárúak és a széllel terjedő fajok aránya csökkent. A kutatás sajátossága volt, hogy a két felmérés között megváltozott városhatárok problémájával is meg kellett küzdenünk: az összehasonlítást mindkét lehatárolásra elvégeztük, ez azonban nem adott jelentősen eltérő eredményt.

Jöjjön néhány kép a pécsi Mecsek-oldal jellegzetes növényeiről, a végén pedig egy új megtelepülőről:

Majomkosbor (Orchis simia)


Pirítógyökér (Tamus communis)

Sétaút a Misina és a Tubes között a medvehagyma (Allium ursinum) tengerében

Arab lucerna (Medicago arabica), útszélek, nyírt gyepek jellegzetes faja

Közönséges tarajosperje (Rostraria cristata), egyedül Pécsről van aktuális adata Magyarországon


A cikk elérhetősége és absztraktja:

Tamás Wirth, Dániel Kovács, Krisztina Sebe, Attila Lengyel & János Csiky (2020) Changes of 70 years in the non-native and native flora of a Hungarian county seat (Pécs, Central Europe), Plant Biosystems - An International Journal Dealing with all Aspects of Plant Biology, DOI: 10.1080/11263504.2020.1829734


Abstract
The research of European urban flora is still based on the study of Western and Central European settlements, while relatively few data are available from the southern and eastern parts of Europe. This paper presents the first grid-based approach that surveyed the spontaneous and sub-spontaneous flora and its temporal changes of a Hungarian city located in this latter region of Europe. The changes during 70 years in the flora of a Hungarian county seat, Pécs were investigated. The contemporary city areas were used as two different study areas in the analyses. Changes in species richness, proportions of dispersal types, life form traits and alien statuses were examined during the mentioned period. With 1641 vascular plant species found at 232.88 km2 in the last 70 years, the flora of Pécs represents a diversity hotspot within Europe. In contrast with other European cities we found significant (19.37%) increase in the number of species over the last 70 years. As a result of temporal changes in the city flora, differnces were found only in the case of neophytes’ life forms regardless of the spatial approach. Similar to the other cities globally the number of woody species neophytes and short-lived alien plants increased.


2020. június 19., péntek

"Methods in Vegetation Science" - módszertani cikkrovat az IAVS folyóirataiban

A Journal of Vegetation Science-ben és az Applied Vegetation Science-ben indult egy rovat "Methods in Vegetation Science" címmel, amely a módszertani cikkeket állítja reflektorfénybe. A cikkgyűjteménybe visszamenőlegesen 2018-tól kezdődően válogattak publikációkat, és ezeket szabad hozzáférésűvé tették. Örömmel láttam, hogy a válogatásba bekerült a 2018-ban megjelent "Joint optimization of cluster number and abundance transformation for obtaining effective vegetation classifications" című cikkünk.



A jövőben új kéziratokat is lehet ide benyújtani. Ezzel párhuzamosan elindult a "Methods" mint új cikktípus, amelybe új módszerek leírásait, régi és új módszerek összehasonlító tesztjeit, valamint más tudományterületeken fejlesztett módszerek vegetációtudományben történő hasznosításait várják.

2020. június 9., kedd

Új cikk a mocsári legeltetésről az AGEE-ben - avagy mit szeretek legjobban a főkomponens-analízisben?

Biró Marianna első-, Babai Dániel utolsószerzőségével, a Molnár Zsolt vezette Hagyományos ökológiai tudás kutatócsoport tagjaival és kutatási partnereivel megjelent egy cikkünk a mocsári legeltetésről az Agriculture, Ecosystems & Environment nevű folyóiratban. A mocsarak ritka fajok és életközösségek formájában kiemelkedő természeti értékeket őriznek, mindeközben igen sérülékeny rendszerek is. Hagyományos és természetközeli használati módjuk a legeltetés, ezen keresztül viszont két érdekcsoport, a pásztoroké és a természetvédőké találkozik. Kettejük szemléletének összevetése, a lehetséges együttműködési és konfliktuspontok felderítése kulcsfontosságú a legeltetés mint a mocsári élőhelyek természetvédelmi célú kezelése szempontjából. A kutatásban azt vizsgáltuk, hogy három kárpát-medencei régió legeltetett mocsaraiban hogyan változnak bizonyos botanikai, természetvédelmi és legelőminőségi változók a legelésintenzitási grádiens mentén, továbbá mit tekintenek "jó" legelőnek a pásztorok és a természetvédelmi szakemberek. A három régió a Hortobágy, a Tőz folyó ártere a Partiumban (Románia), valamint a Bosut folyó ártere a Vajdaságban (Szerbia), az első kettőt marhával, utóbbi disznóval legeltetik. A vizsgálatba a kutatástervezéskor csöppentem bele, majd az adatelemzésnél vettem még benne részt. A terepmunkát a csapat többi tagja végezte. Ők egy nedvességi és legelésintenzitási grádiens mentén 90 cm átmérőjű mintakörökből álló transzektekben vettek fel növényzeti, természetvédelmi, valamint felszínborításra vonatkozó változókat, összesen 17-et. Ezek alapján később diverzitási és a növényzet szerkezetére vonatkozó mutatókat is számoltunk, ezek is a transzektek jellemzőiként szerepeltek. Emellett 15-15 pásztorral és természetvédővel interjús adatgyűjtést is végeztek azzal kapcsolatban, hogy az egyes változók különböző állapotairól mit gondolnak a maguk szempontjai alapján. A részletesebb módszertan természetesen a cikkben elérhető.

Szürkemarhával legeltetett mocsár a Hortobágyon (fotó: Molnár Zsolt)

Az elemzésekben a mintavételi egységek legeltségének mértéke szerepelt volna magyarázó változóként. Igen ám, de ilyet terepen nem lehet felvenni - a "legeltség" önmagában nem mérhető, hiszen a legelés egy jóval komplexebb jelenség a biomassza eltávolításánál. Egyrészt, a legelés többnyire szelektív, nem egyforma mértékben eszik a jószág minden növényfajt. Másrészt, az állat jelenléte taposással és trágyázással is jár, ami közvetlenül és a talajtulajdonságok megváltozása miatt közvetetten is hat a növényzetre. Ráadásul a különböző állatfajok (sőt, fajták) különbözőképpen legelnek. A pásztorok maguk osztályozták ugyan a legeltségi fok szempontjából a mintavételezett foltokat, de ez szubjektív, ráadásul ordinális skálájú változó, nem alkalmas kvantitatív elemzésre. A terepen dolgozó kollégák ezért kiválasztottak további, sokkal jobban számszerűsíthető indexeket, amelyek nyilvánvalóan korreláltak a legelési intenzitással. Ilyen volt például a talajon a taposott felszín százalékos borítása, a rágásnyomok gyakorisága a növényeken, valamint a növényzet alacsonyabb szintjeinek borítási aránya a felsőbb szintekéhez képest. Hogyan csináljunk ebből egyetlen, értelmes változót? Itt jön be a képbe a legegyszerűbb ordinációs módszerek klasszikus tankönyvi példája, a főkomponens-analízis (PCA, principal components analysis).

Diverz, legelt mocsárszél (fotó: Biró Marianna)

Az ordinációs módszerek lényege, hogy a sok változóval leírt mintánk teljes változatosságát megpróbáljuk minél kevesebb változóval minél nagyobb hatékonysággal leírni. Úgy is mondhatnánk, arra törekszünk, hogy a minta változatosságát minél kevesebb új, mesterséges változóba "sűrítsük", miközben legfeljebb jelentéktelen mennyiségű, vagy csak irreleváns információt veszítünk. Az új változók, az ordinációs tengelyek, a módszerek többsége esetén "fontossági" sorrendben vannak: az első magyarázza a legtöbb változatosságot, a második kevesebbet, stb. Elméletünk szerint a fontosabb tengelyek felfedik a mintában rejlő legfontosabb grádienseket. A tengelyek a módszerek többségénél ortogonálisak (függetlenek, térben derékszöget zárnak be). A főkomponens-analízis logikája, hogy az első ordinációs tengelyt (komponenst) úgy hozza létre, hogy az a lehető legnagyobb mértékű korrelációt mutassa az eredeti változókkal. A másodikat pedig úgy, hogy az eredeti változóknak az új változóval nem korreláló változatosságával korreláljon. A PCA-ról bőségesen lehet magyarul olvasni Podani (1997) könyvében, de főleg angolul sok más helyen is (Google segít). A lényeg, hogy a PCA-tól az alábbiakat kapjuk:
- koordináták minden objektumhoz az ordinációs tengelyeken (komponenseken);
- a tengelyek sajátértékei (ezek a "fontossági értékek", az összvariancia rájuk eső részei);
- az eredeti változók koordinátái;
- az eredeti változók hozzájárulásának méretéke az egyes tengelyekhez.

A PCA leggyakoribb alkalmazási módja, hogy az első két tengely függvényében ábrázolják az objektumok pontfelhőjét, és erre gyakran ráteszik a változókat is nyilak formájában. Mi emellett a módszer azon tulajdonságát használtuk ki, hogy az ordinációs tengelyek az eredeti változók olyan kombinációi, amelyek az összvarianciát a leghatékonyabban képezik le minél kevesebb tengelyen. Ebben az elemzésben azt feltételeztük, hogy a legelésintenzitási indexek varianciájának "közös" része, vagyis amivel mindannyian korrelálnak, jól leírja a tényleges legelési intenzitást. Kézenfekvő megoldásnak ígérkezett, hogy az indexekkel mint változókkal számoljunk egy PCA-t, és tekintsük az első komponenst a keresett legelésintenzitási változónak. Az így kapott változó átlaga 0, az erősen legelt mintaegységek pozitív, a kevésbé legeltek negatív értéket kaptak. Ez a változó 90% feletti arányban alátámasztotta a pásztorok által becsült legelési grádienst, csak annál jóval finomabb, numerikus skála használatát tette lehetővé. Az első PCA tengelyt már tudtuk használni egyéb regressziós és korrelációs vizsgálatokban a legelési intenzitás folytonos változójaként.
Amikor tehát több változóval írunk le egy nehezen megfogható jelenséget, grádienst, akkor érdemes az első, vagy akár (ha értelmezhető) az első néhány PCA tengelyt használnunk az eredeti változók helyett. Kedvelem ezt a megoldást, mert igen hatékonyan egyszerűsíti le a bonyolult mintákat kevés számú új változóra (a komponensekre), és emeli ki a "lényeget", amennyiben az eredeti változók között lineáris az összefüggés; a komponensek pedig új változókként szerepelhetnek bemeneti adatként további elemzésekben. Szintén jó olyankor, amikor a változóink eltérő, vagy valamilyen számunkra kedvezőtlen skálával rendelkeznek. Pl. Lhotsky et al. (2016) cikkünkben a fajok nominális skálán felvett, de részben ordinálisként is értelmezhető tulajdonságait (életforma-típusait) alakítottuk át egy egyévesektől hosszú életű évelőkig terjedő, folytonos skálára, amit aztán jóval rugalmasabban tudtunk használni az elemzésekben. Ebben a szerepében a PCA egy adattranszformációs módszernek is tekinthető. Érdemes tehát leporolni néha a jó öreg PCA-t, minden ordinációs módszerek ősatyját/ősanyját. :)
Az R-ben többféleképpen is el lehet érni, pl. a stats csomag princomp vagy prcomp függvényeivel, de a vegan csomag rda parancsa is PCA-t csinál, ha nem adunk meg magyarázó változót. Én az utóbbit szoktam használni.

Három ábra a PCA kapcsán a hortobágyi mintaegységekre. Magyarázat alább

Ábramagyarázat:
PCA biplot: így hívják azt, amikor az objektumokat és a változókat egyszerre ábrázoljuk az ordinációban. A két tengely az első két komponens (PC1, PC2). A kék körök a mintaegységek, a piros nyilak a változók, mellettük a nevük rövidítésével (rágottság, az alsó növényzeti szintek borítási aránya, valamint taposottsággal kapcsolatos indexek). A piros nyilak eléggé egy irányba mutatnak, ami arra utal, hogy pozitívan korrelálnak. Mind hegyesszöget zárnak be az első tengellyel, ez a vele való erős korrelációra utal.
Screeplot: ez mutatja meg az ordinációs tengelyek által magyarázott variancia mennyiségét, vagyis a tengelyek fontosságát. Látható, hogy az első tengely messze-messze fontosabb a többinél, gyaníthatóan ez "fogja meg" a tényleges legelési intenzitás grádiensét.
Harmadik ábra: itt összehasonlítom egy boxploton a legelésintenzitást mutató PC1 értékeit a pásztorok által becsült intenzitással. Az egyezés tökéletes.

Az elemezéseinkkel megmutattuk a növényzeti változók összefüggését a legelési intenzitással, valamint azt, hogy az egyes változókról mit gondolnak a pásztorok és a természetvédők. A kutatás fontos tanulsága, hogy nem volt olyan növényzeti változó, amelyet a két érdekcsoport kifejezetten ellentétesen ítélt volna meg. Mindkettejük számára kedvező jelenség volt például az alacsony növényzet: a pásztor szempontjából pozitív, hogy ebben az állat könnyebben mozog, a zsenge növények pedig jobb táplálékot adnak, a természetvédő számára pedig a nyíltabb talajfelszínen előforduló ritka, kompetícióra érzékeny fajok, valamint a talajon (vagy iszapon) táplálkozó madarak jelenléte kívánatos. A madarak jelenlétét egyébként a pásztorok is pozitívan ítélték meg, valószínűleg kulturális okokból. A védett és ritka fajok jelenléte a természetvédők számára (nyilvánvalóan) pozitív jelenség, míg a pásztorok számára közömbös. Az eredmények alátámasztják azt, hogy a hagyományos módon gazdálkodó ember és a természetvédők szempontjai egymást kiegészítve és erősítve segíthetik elő a természetközeli élőhelyek kedvező állapotának elérését, fenntartását.

Disznó által túrt iszapfelszín mételyfűvel (Marsilea quadrifolia) és tóalmával (Ludwigia palustris) a Bosutnál (fotó: Biró Marianna)


A cikk elérhetősége, összefoglalója (még három hétig ingyen olvasható):


Highlights

• Wetland habitat quality indicators of conservationists and herders were compared.
• Key indicators were tested along a gradient of ungrazed to heavily grazed sites.
• There were no key indicators where the two groups had opposing preferred trends.
• Vegetation height, shrub and litter cover decreased with grazing intensity.
• Forage grasses and frequency of rare mud species increased with grazing intensity.

Abstract

Wetland grazing by livestock, once widespread throughout Europe, is increasingly used in conservation management. To avoid conflicts and enable cooperation between wetland users and conservationists, habitat quality indicators relevant to both stakeholder groups would be useful. We aimed to identify which indicators of grazed wetland habitat quality are important to the two groups, and which are the preferred trends for these indicators along a grazing intensity gradient.
We conducted free listing interviews with 15 conservationists and 15 herders to identify the key indicators of well managed, extensively grazed wetland habitats. To check the practical ecological relevance of these indicators, vegetation surveys were performed along a gradient from ungrazed to heavily grazed stands (45 sites) in three countries: Hungary, Romania and Serbia.
Positive trends for herders included increases in useful forage grasses and decreases in tall-growing marsh species; for conservationists, increases in wetland birds, protected and threatened plant species, habitat heterogeneity, and patches of open vegetation were all positive. Grazed marshes had lower vegetation cover and height, less litter cover and fewer shrubs. The proportion of open surfaces and the frequency of rare mud species and protected species increased along the grazing intensity gradient. As grazing intensified, 73% of the 15 vegetation attributes assigned to the indicators changed in a ‘positive’ direction, half of them significantly, showing the benefits of extensive but patchy heavy grazing.
Despite differences in perceived benefits, there were no opposing preferred trends for any of the studied indicators, so patchy, occasionally and locally intense or heavy wetland grazing by livestock in these landscapes was beneficial for herding and conservation alike. In the situation of mosaic-like, carefully herded extensive grazing, there was no trade-off between conservation management and utilisation.

Graphical abstract

forrás: Agriculture, Ecosystems & Environment